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昭武三年二月，于湖光扫荡了襄王余孽、及查抄了诸多同犯的家之后，孙、秦二路人马分别启程返回，而辽东梁的军队却并未返回南直隶，反而一折路去了福建。
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大明两广、福建沿海海患严重，17世纪上半叶，荷兰人已是西方海洋经济世界的“超级大国”，他们的军事和商业复合体“东印度公司”到处拦截葡萄牙、西班牙商船，攻占伊比利亚人的海外要塞、商馆，在日本平户建立商馆，在巴达维亚（今雅加达）建立大本营。1622年荷兰人占领澎湖，之后又转移台湾。
荷兰人为了垄断对日贸易，指使一些中国船只在中国沿海掠夺，因为荷兰人此时还不能统治环中国海。其原因是：东方海洋经济世界不是权力的空白。然而之后明朝官方从海洋退缩，也就是实行了闭关锁国之中的海禁，于是海商和海盗成为海上的统治者。郑芝龙－－也就是之后的民族英雄郑成功之父也是和荷兰人合作的海贼之一，为荷兰人执行在台湾海峡上截击前去马尼拉的中国帆船的海盗任务。
郑芝龙海上势力的日益扩张强盛，引起明朝统治者的恐惧，多次派兵追剿，但均失败。明政府既无力剿灭郑芝龙，又为了利用这支海上势力与荷兰人抗衡，镇压其他“海盗”，只好对郑芝龙施行绥抚。
之后，荷兰人在明军的压力下撤出澎湖，转移到台湾大员（今台南安平），在台湾建筑“热兰遮”和“赤嵌城”两个要塞，侵占了台湾南部地区。同年荷兰、西班牙两个殖民主义国家为了争夺台湾的统治权，发生战争，荷兰得胜，独占了整个台湾，这是历史上台湾第一次为外国人占领。
后来郑芝龙受明朝招抚后，原先与他一起出生入死的刘香一股势力心有不甘，拉到广东，继续其海上劫掠营生。刘香势力与荷兰人勾结，在一段时间内对郑芝龙造成很大威胁。刘香势力在广东崛起后，台湾海峡又转趋不平静。新上任的福建巡抚邹维琏宣布恢复海禁，并力阻郑芝龙与在台湾的荷兰人私下通商。郑芝龙势欲扫除