进路上荆棘丛生，困难重重。这时大明的忠臣袁崇焕正在实施“恢复之计”，即“以辽人守辽土，以辽土养辽人”。他修城屯田，以屯养战，以“守为正著，战为奇著”。他总结交战以来的经验教训，筑起了一道宁锦防线。皇太极想及早发动进攻，旨在使袁氏的防御体系付诸东流。他在六日起程，十一日兵临锦州城下，一上去就是四面合围.后金兵先打外围，企图迫使锦州城内的明军不战而降。但是平辽总兵赵率教和副将左辅、朱梅等坚守不屈。皇太极下令攻城，整整打了一天，自己伤亡惨重，城却屹立未动。继续又攻十几天，依然无成。后金只得分出部分兵围攻锦州，主力由皇太极率领转攻宁远(今辽宁兴城县城)。守宁远的正是袁崇焕，他命令满桂、尤世禄、祖大寿出城拒战。皇太极督代善、阿敏、莽古尔泰、阿济格等进击。明兵呐喊抵抗。袁崇焕坐镇指挥，放大炮，后金兵一排排倒下，游击觉罗拜山、备御巴希等被射死，贝勒济尔哈朗、萨哈廉、瓦克达俱伤。明将满桂也负重伤，士兵死伤大半。宁远不下，皇太极又返回锦州，再次攻城，时已六月四日。城既不下，又赶上暑天来临，将士中暑很多，皇太极知不可久留，第二天下令退兵，毁大小凌河二城。此战明军防守成功，时称“宁、锦大捷”。宁锦苦战，不胜而归，皇太极遇到了新问题。这个问题就是，辽西不能攻取，便不能进山海关，如果要夺取北京，只有另找出路。但是不管走不走辽西这条路，这条路线却非投入相当兵力不可，否则明朝就要从这里反攻上来。再则，改变进攻路线，又不得不扫清前进路上的障碍。皇太极在总的战略上要与明朝争衡，这是不可改变的。但在辽西受阻，一时不得不另找出路。他决定向蒙古进军，一方面征服尚未统一的蒙古余部，另方面也是寻找从蒙古向明朝进攻的道路。皇太极对蒙古是有所了解的，当时他已参加过与喀尔喀、科尔沁等部的结盟，也曾领兵驰援过科尔沁，还娶了两位蒙古女子为妻。然而蒙古方面的最大劲敌是察哈尔林丹汗。他在对付蒙古问题上要有所进展，必须制服这个劲敌。