时则被征召起来，架着自己的船只到指定地点集合，郑氏核心的职业官兵给他们发放武器装备，指挥他们作战，这个时候才会产生费用。另外当时还有很多中小型的海盗组织，他们平日里也是自己管自己，战时可能会追随郑芝龙出战，但这部分的开支其实并不重。
而郑氏在取得福建全省后，开始大搞正规化，那么一切就都不一样了。福建水师的职业官兵人数大大增加，维持费用自然也大大增加。所以说福建水师的规模虽然比以前缩减了太多太多，但开支却有增无减，只是在军费中所占比例降低了不少罢了。
福建水师现在也进行了改革。在刘国轩这个水师第一人被抄家灭族之后，郑克臧在东岸顾问建议下，将全闽水师编成了两部分，即以小船、非专业战舰、杂号船只为主的海防舰队，一位郑氏族人担任了舰队提督；另外，从东岸购买的战舰、自己仿造的战舰编成了大洋舰队，郑克臧任命了曾在库页岛学习战舰驾驶、操炮技术的军官黄有才为大洋舰队提督。
黄有才这个人三十多岁，资历略有些浅，看起来似乎不太适合担任大洋舰队的一把手。但因为这个人在库页岛学习新一代海军技战术多年，同时也全程参与了福建水师第一艘现代战舰（仿造的“雅克萨”级250吨武装运输舰）的监造，随后又在马尾船厂帮忙仿造该款战舰，各方面实力都非常突出，因为被任命为了大洋舰队提督，正式管着福建水师的精锐。
当然郑克臧也不是三岁小孩，他也怀疑黄有才这个人是不是已经被东岸控制了，因此也派了两位老成持重且对他比较忠心的将领担任副提督之职，他们不分管日常训练、除外战斗，但在后勤、人事方面有极大的发言权，同时也拉帮结派，不让海军拧成一股神，以免被黄有才一个人带走了。
这样当然会导致海军战斗力出现问题，但为了上位者放心，也只能这样了。这个年代可没有什么民族主义、国家主义的概念，老百姓的凝聚力也不是很强，对哪个人来当皇帝其实多半是无所谓的。因此，控制军队必须以权谋之