于节山息马立石”的摩崖碑，即今梅河口市小杨乡的庆云女真摩崖石刻。
金时，金太祖灭辽，通化属金之东京路婆速府管辖。
公元1234年，蒙古军陷金，东北全境为之管辖。通化属沈阳路。
公元1261年，元中统二年于辽东设“总管高丽、女真、汉军万户府”通化属之。通化县大都岭镇出土了元朝左卫阿速亲军千户所印。
公元1287年，元至元二十四年，置辽阳行省，通化属辽阳行省辽阳路婆娑府。
公元1377年朱元璋推翻元朝统治，洪武十年设立辽东指挥使司。公元1409年，明永乐七年，又增设奴尔干都司，下设卫、所，此时女真人不断南徒，通化为女真人主要集居地区，通化属奴尔干都司建州卫。
公元1616年，明万历四十四年，建州卫都佥事努尔哈赤称汗，建立金（后金）政权，以赫图阿拉（今辽宁省新宾县老城）为都，通化地区为清王朝入关前的重要基地。
公元1646年，清定都北京，在东北前后设置盛京、吉林、黑龙江将军，统帅官兵分地管辖，镇守边陲。公元1657年，置奉天府，通化为奉天府管辖。
通化市于光绪三年（1877年）设治，始称“通化”。
1908年析置临江县、长白县、辑安县、柳河县，1913年划归奉天东边道，1931年为伪通化省省会，1937年属通化省，1942年析通化县通化街置通化市，属通化省。
1945年为伪满洲国首都。
1945年至1954年为安东省省会1954年设通化专区，专署驻通化市。原辽东省所属通化（驻通化市）、柳河、海龙、辉南（驻朝阳镇）、靖宇、抚松、长白、临江、辑安等9县划归通化专区。
1948年市、县分治，属安东省，
1949年属辽东省。
1956年原由省直辖的东丰县划归通化专区。辖10县。1958年原由省直辖的通化市划归通化专署领导。