河航运科、矿山科、森林科、供应科、营业科、线路科、设计科共七个科级部门；财务部下辖会计科和赔偿抚恤科两个部门；法务部下辖法律科（法律科下辖南铁巡回法院）、狱政科（下辖戈壁滩监狱）；商务部下辖商业科，总揽南巴塔哥尼亚地区的商品销售、进出口贸易等事宜；工程部。顾名思义就是负责按照技术部给出的路线制定施工方案，并着手实施；综合部是个大杂烩，主要管一些琐碎的杂事，比如迎来送往、后勤支应、福利发放等等，辖有总务科、兴南招待所等单位。
总的来说，在莫大帅的设计中，南铁公司这种半官半民大型康采恩企业在南巴塔哥尼亚地区几乎是行使了相当部分的政府职能，即他们是以商业公司为掩护，行殖民统治之实，学的就是人家的东印度公司。也许单就权力而言不如东印度公司（没有宣战权、缔约权等国家才有的权力）。但就组织机构的严密程度来说，已经超出人家太多了。
当然以上这些机构如今大部分还只存在于纸面上。南铁公司草创。无论是钱财和人员都缺得厉害，想要一一完善这些机构，远不是一朝一夕能够完成的。这需要十年如一日的持续投资和完善，不过这对资金窘迫的南铁公司来说也不是一件简单的事情。
“南铁公司这么大的企业，陆军部的同仁们可是盯得很紧啊。”看到莫茗前来迎接他，徐刚这个惯常以老资格自居的家伙顿时也跩不起来了，只见他脸上堆起了一丝笑容，快步上前握住莫茗的右手，略带恭维地说道：“彭督办曾经说过，南铁公司的创立陆军部出了大力，因此总裁这种关键性职位不能让文官来出任。他选来选去，对身边所有人都不太放心，最后还是挑了莫总裁您，呵呵，彭督办真是好眼光啊。”
南铁公司是陆军部一手推动创立的，关于这一点莫茗当然知道地很清楚。事实上当年陆军部还曾经提出过要给予南铁公司像英荷东印度公司一样的特权，但被文官们拒绝了，他们只同意南铁公司拥有两洋铁路的经营权（包含两端港口），以及铁路沿线一里格之内的附属