《北斗神拳》的故事讲述人类文明毁于核战争的未来，存活下来的人类过着弱肉强食的生活，直到出现了一个胸口带着北斗七星状伤痕，他就是古老华夏神秘暗杀拳法——北斗神拳的传人——拳四郎，在不断和黑暗势力的战斗中成为救世主。
这就是《北斗神拳》的粗纲，而细纲则是一部部来说明，更有的则是每一话的大致内容，而下面就是《北斗神拳》第一部南十字星的大致剧情。
在荒漠中，一名男子来到一个村庄，由于缺水及疲惫而倒了下去，被村人关进牢房中。在牢中结识原为小偷的帕德，以及看守的小女孩琳儿，村人为了确定他是否暴力组织“z”成员，脱下其上衣检查是否有刺青。但当长老一见到他胸前呈北斗七星形状伤痕时，大吃一惊地认为这是不祥的预兆，而将他继续关在牢中。不久z党来袭击村子，村中自卫队被斩杀殆尽，琳儿更被对方首领抓为人质，以逼迫村民就范。危急中破牢而出的拳四郞施展北斗神拳摆平z党老大，平安救出琳儿，保住村子。之后拳四郞离开村子，继续旅程，帕德因为崇拜拳四郞而跟着他走。
旅途中拳四郞收拾了暴力组织“King”中的黑桃和方块。在King的本部南十字星城中，拳四郞解决了嗜杀的梅花，又在king的首领南斗圣拳的希恩面前用绝招痛宰如肥猪一般的红心。在和希恩的对话中，说明了两人为何由好友变为仇人，最后希恩在死前说出拳四郞的未婚妻尤莉亚已死的消息，使得这场因爱而生恨的决斗画下了休止符。
拳四郞和帕德停留在一间颇具规模的交换站，帕德偶然看见琳儿被关在由以前特种部队所组成的“神国”的卡车中。在救出琳儿后，拳四郞顺道去毁掉“神国”这个组织。对方首领golan上校是个学会少许南斗无音拳的小军阀，和拳四郎战斗一阵后便落败战死。
善后工作完成后，他们来到了帕德的故乡，帮助帕德的义母朵洋婆婆挖好水井。就在拳四郞离开后。飞车党头目杰卡鲁来犯，朵洋婆婆为了保护孩子而死，拳四郞大怒