先帝丧期已过，新帝登基，太子翊钧为帝，改元万历，众臣为隆庆帝上庙号穆宗。
万历皇帝继位伊始，大学士高拱马上呈进新政五事，要求其御门听政，亲答奏请，面见辅臣，议处要事，且一应章奏览后俱须发送内阁看详拟票，杜绝内批留中。虽然高拱的本意在于“以主上幼冲，惩中官专政，条奏请诎司礼权，还之内阁”，但仍可看出他对于幼年皇帝朝夕训诲的急迫心情，初衷未为不妥。然而当时正值主少国疑之际，“上冲年在疚，拱默受成于两宫，权不自制，惟恐外廷之擅”。可如今陈皇后与皇帝的生母懿贵妃，再次卷到了权力的中心。
翊钧想为母亲李氏上尊位，按照旧制，皇帝即位，尊嫡母皇后为皇太后，若有生母称太后的，则为嫡母加上徽号，而生母则无徽号，以示两宫区别。当时，太监冯保想讨好李嘉敏，因此以并尊两太后为名，暗示大学士张居正交付廷臣商议，早朝上，张居正启奏皇帝尊生母为皇太后并加尊号，此话一出高拱瞬间不满，提出了嫡庶之别，认为陈皇后虽为继后，可翊钧的生母懿贵妃身世卑微原是宫人，后来母以子贵才晋升为贵妃，即使当太后，也不可加上尊号展示嫡庶之别，可为皇帝生母上为皇贵太妃，在其寿诞上在加尊号以及位分，群臣讨论纷纷，支持嫡庶之别的群臣认为高拱说的是正确的，此时郭朴见大太监冯保势力滔天，便临时反口说：“前有世宗继统不继嗣，尊生父兴献王为睿宗，生母为慈孝献皇后，今日李妃乃皇帝生母，先帝后妃，两宫并尊有何不可？”群臣便不再言语，看向陈皇后，陈皇后缓缓开口说道：“我与妹妹成共侍一夫，早已视为姐妹，世宗已破祖训，再破一次也无所谓了”于是群臣上奏皇帝尊穆宗皇后陈菁清为仁圣皇太后，尊李嘉敏为慈圣皇太后，懿贵妃与陈皇后两人便开始没有区别。陈太后住在慈庆宫，李太后住在慈宁宫，后来张居正请求李太后看护明神宗的起居，于是迁居乾清宫。
“高拱跋扈，足以易江山，逆主上，皇帝，你不得不防啊！”李太后冷冰冰的说道，仔细回忆