营往上是千总，两营为一千总，千总部配一个五门火炮的火炮排（二十八人）。加上一个千总部（伙夫什，锣鼓什，战场救护什，千总部警卫排，正副千总，千总部赞化参谋、镇抚官、后勤官，五位主官各配侍卫二人。），合计一千人。千总月饷十贯，其他四位主官月饷九贯。千总为基本作战单位，进攻时排成四段击队列。防守时一排负责射击，其他三排负责装填。
千总往上是协，两个千总为一个协，协配一个十五门火炮的炮队，一个骑兵斥候队，一个协警卫队，一个战场执法队（直属镇抚官管辖），再加上一个协本部（伙夫什、旗手什、锣鼓什、正副游击将军、协本部赞化参谋、镇抚官、后勤官、五位主官各配一个什警卫。），合计两千五百人左右。游击将军领月饷二十贯，副职四人月饷十八贯。
协为大明今后常备军力量，分驻大明各地。再往上的分守参将、副将、总兵等职位，因地方的重要性而分配军事力量。
大明五军都督府也将做出新的调整，改五军都督府为四总部。皇帝为天下兵马大元帅，下设四总部，分别为总赞画参谋部、总镇抚部、总装备采购部、总后勤部。在四总部之外增设海军部与陆军部。
陆军部主要负责陆军军队队的训练与考核，根据各个部队的成绩对相应军官进行升职降职评定，陆军部提督英国公张辅，保国公朱勇副之。
海军部的职责与陆军部一样，只不过是主管海上训练，海军部提督郑和，王景弘副之。
总赞画参谋部的职责是行军地图的绘制，作战计划的制定，为军事主官提供作战方案以供军事主官选择，同时负责赞画参谋的训练与培养，赞画参谋部提督保定侯孟瑛，武安侯郑亨副之。
总镇抚部的职责是掌管各个军队的军纪军法，成立军事审判司，专门负责对违反军纪军法的军人进行审判。总镇抚部提督阳武侯薛禄，成山侯王通副之。
总装备采购部负责各个军队装备的采购，前沿武器的开发，提出未来作战设想，根据设想进行