于轩辕，自己则往人祖殿接任祖老之位。
轩辕初为共主。年轻气胜，经验不足，凡有不服法制者，常起兵攻伐。终于，引得北方一大族不满。
自水火二神争帝大战之后，圣人现世，西方接引、准提占据西方。三清占据东方及四海。巫妖二族为族人征伐，日渐式微，妖族大多遁入深山老林，巫族则退守极北祖巫殿。
有少许巫族与人族混居，在北方建了一个大部落，名唤九黎。却有上古大巫重山不甘昔日之败。以轮回秘法转世，化为九黎族人，名号蚩尤，修行巫族玄功，炼成了巫神不死之身，强悍无比。
蚩尤就任九黎族族长，对轩辕十分不满。与其八十一个兄弟一起带领九黎族勇士起兵造反，与轩辕决战于逐鹿平原。
九黎族人大多是巫族与人族混生而成，各个凶悍，实力远非普通人族可比，蚩尤大军一路开来，连连攻破数个人族大部落，所破小部落更是多达数十个之多。
其间，九黎族大军实力日渐壮大，蚩尤旗下，更有雷王、火蜈等昔年巫族成名大巫。轩辕大军根本抵挡不住，纵有广成子、云中子等阐教金仙相助，却还是节节败退。
此时，三十三重天庭乃是由道祖鸿钧座下童子旱天、瑶池执掌，二人曾为道祖童子，修为高深莫测，加上背后有道祖撑腰，坐镇天庭以来，诸界俱服，虽然没有什么大的作为，却也一直没什么大乱发生。
轩辕乃是神农氏亲传、诸天仙神共立的人皇，蚩尤公然反叛，第一个丢面皮的就是天庭之主。于是，昊天、瑶池命九天玄女并十万天兵天将下凡，助轩辕抵抗九黎族大军。
原本，蚩尤的大军占了很大的优势，几乎是势若破竹，但天庭的意外介入，以天兵砥柱了蚩尤的大军，却是令双方陷入了对峙之中，开启了长达数十年之久的人族第一内战：逐鹿之争！
轩辕毕竟得上天眷顾，人祖庇佑，蚩尤虽猛，奈何终究有着一些巫族血脉，并不纯正，逐鹿大战到了最后，轩辕得到人祖殿赐下神兵轩辕神剑，在诸天仙神的帮