圣西尔军校第一年以军事训练为主共分成三段：第一段为1个月的单兵基础训练；第二段4个月，与其他军校地方新生一样学习分队训练和战术；第三段5个月，到部队担任实习排长，学会指挥、训练新兵。
第一年结束时，极个别不能适应的学员将被淘汰，按普通义务兵待遇退出现役，但发给他们国家普通高等教育第一阶段合格证明。其他合格者被授予准尉军衔。
第二年，课程包括文化教学和军事训练两部分。文化课占30周，分科分班学习大学各专业课程，同时要求每人必修1门外语。军事训练10周，前4周到国家突击队训练中心集训，然后学习陆军各兵种的连、排训练、战术和指挥并学会跳伞，第二年的合格者被授予少尉军衔。
第三年，主要是完善和深化各科知识，重点培养学员的主动性、责任感和作为军事指挥宫的领导意识与能力。文化课仍按专业分别组织，共30周。同时，请军内外的专家、学者到学校就当前共同关心的重大问题举办讲座，组织学员到国家企业或部队机关见习。
军事训练共6周，重点是培养学员动手和动脑能力，组织他们到陆军各兵种部队中实习锻炼，学习诸军、兵种协同作战理论，准备参加国庆节阅兵式。
根据法国传统，每年7月14日国庆，都要在巴黎凯旋门一香榭丽舍大道举行盛大阅兵式和分列式。届时，共和国总统在共和国卫队骑兵护卫下，检阅三军部队之后，登上观礼台观看分列式。走在受阅部队最前面的永远是圣西尔军校的方队，只有当年的毕业班学员才能获此殊荣。
毕业与任命经过3年的严格训练，毕业时，不仅要看学员各科结业成绩，还要请专家对学员进行口试和答辩，张榜公布毕业考试成绩和陆军各兵种的需要名额，由毕业学员根据自己的成绩自选一个兵种或专业。
学习成绩最好的学员优先挑选，依次进行。毕业生获得学士学位，井被授予中尉军衔。毕业生还要到相应的兵种专业实习学校再学习1年，然后分配到部队