在驻军期间，秦阳又进行了一次大规模的整军。其时马步弓三营经过月余的训练，人人都能步战、能马战、能射弓弩，堪称得上是纪律严明的全能型兵马。
秦阳将秦家军分为前中左右后五军，并设了六个指挥使。
骠骑营和神刀营从全军中挑选两千最精壮士兵，加上原有的四千人，增至六千人，合称中军，乃秦家军最精锐部队，刀枪马匹弓弩人手配备，艾铁、郑宗分别任两营指挥使。
步兵营一万二千人不变，分得马匹六千，弓弩人手配备，改称左军，封孝友任指挥使。
骑兵营补充五千降卒，共计一万二千人，分得马匹七千，弓弩人手配备，改称右军，司马子渊任指挥使。
弓弩营补充五千降卒，共计一万二千人，分得马匹六千，弓弩人手配备，改称后军，韩维任指挥使。
剩下一万二千名降卒，分得马匹六千，弓弩人手配备，称为前军，杨再兴任指使挥，吴昉、杨琦等所有投降将领和数百精卫依然归杨再兴统率。
因为降卒降将较多，秦阳再次召开大会，重申军纪问题，让曾巩、苏轼在念书之余辅佐包拯纠风正纪，同时将淮南王的宝剑转赐包拯，授权他发现违纪将士都俱可先斩后奏。
包拯深感肩上担子极重，他下跪接剑，又面朝数万兵士，将宝剑高举过顶，郑重起誓：“我包拯若用此剑妄杀一名辜将士，必以此剑自裁于中军帐前！”
此誓一出，全军上下不凛然，再任何人对包拯有半句不服。
考虑各军不再按兵种分营，每军都各有马步弓三个兵种，秦阳整合前期的练兵经验，重宣传的“实战演练”规则，主要是增加了多兵种的指挥对抗、阵法变换对抗等。
他又让带兵经验最为丰富的杨再兴上台交流经验。杨再兴甫一归降便得重用，有机会当着数万将士面前教授统兵要诀，大觉荣幸，当下也丝毫不藏私，将多年心得经验倾囊相授。秦家军上下人等都收获良多，佩服不已。
晚上，杨再兴入帐请求将一众