最后嘴皮子官司一直打到了国务院常务会议上，总理拍了桌子，“药品安全是关系到老百姓生死存亡的大事！都死了这么多人了，不是毒药事件是什么？！出了这么大的问题，你们还想着捂盖子，捂得住吗？！我看问题的根源就出在你们这些主管领导的思想上，你们都不重视，不出问题才怪呢？！……”。
总理发火了，就没人再敢说话了，曹副部长更是面红耳赤地低下了头，不过众人看向段泽涛的目光就多了几分意味，像这种不同部（局）之间因为工作互相扯皮的事多了去了，但很少会闹到国务院常务会议上来，在外人眼里，段泽涛这样做就是不按规矩出牌，有点恃宠而骄的味道，也引起了某些人的不满。
事件到这里基本划了一个句号，与此次恶性事件有直接关联的21人被追究刑事责任，移交司法部门处理，一人被判死刑，二人死缓，多名政府主管部门领导被免职，被党纪政纪处分的就有11人。
东方药业集团被吊销《药品生产许可证》，处以2千多万元巨额罚款，所有被查封药品集中销毁，撤销其129个药品批准文号，收回GMP认证证书。
这样的处罚力度在医药行业还是第一次，也引起了医药行业企业的震动，对于药品安全问题也重视起来了，为了降低生产成本，铤而走险以假冒真，以次充好的现象得到了遏制，也使得国家食品药品监督局的“两打两建”专项行动少了许多阻力，进展十分顺利，问题频出的药品生产行业状况大大改观。
东方药业集团董事长董明清在此次事件中负有领导责任，被判有期徒刑三年，不过董明清在狱中表现较好，一年后就被减刑出狱了，经过此次事件后，董明清痛定思痛，出狱后重整东方药业集团，并将此事刻成“耻辱碑”，立于厂大门口，以此提醒自己及全厂员工永远把产品质量放在首位，三年后东方药业集团东山再起，重新成为国内药品行业知名品牌，多种产品通过了世界公认最严格的，M国FDA认证，产品远销国外，这是后话，暂且不提。