以及第二次的动画制作也就是《钢之炼金术师FA》之中，最后的boss就是霍恩海姆的复制体。
它是一个炼金实验之后得出的附属品，一个只能生活在瓶子之中的奇异生物——他在那个时候诱惑了霍恩海姆，教导了霍恩海姆大量的炼金术，让仅仅是一个学徒的霍恩海姆成为了当时的大炼金术师！
但是这只是他的计划的开端，随着霍恩海姆成为了皇家专用的炼金术师之后，他设计让当时的皇帝得知了所谓的长生不老之术，其实也就是贤者之石的炼成方法。
这个方法实际上是要将整个国家所有人的灵魂炼制为贤者之石，最后注入到位于整个炼金术阵最中心的人身体之中。
在当时他骗了所有人，其实当时炼金术阵最为中心的位置是霍恩海姆所站位置，而并非是那个国王的所站的地方！最后霍恩海姆和他成为了人形的贤者之石。
不需要结印就能够随意的使用炼金术，可以无视一切的炼金术的准则……包括人体炼成。当然他最后的目的是为了得到真理，而霍恩海姆虽然对于自己摧毁了一个国家的事实非常的自责，但是却也没有立刻与瓶中小人产生对立。
而这个瓶中小人就化作了霍恩海姆的形象开始急需着自己接下来的计划……
这样就是钢之炼金术师原本的剧情。
而当时在比较早的时候，实际上是有着另外一部钢之炼金术师的动画的，由于本作动画企划时，原作漫画进度当时仅出版到单行本第5卷，于是后期部分剧情需要由原作者荒川弘提供漫画分镜稿给动画制作组说明场景，动画剧情前半以原作漫画单行本前7卷剧情为基础大幅改编，后半由于追上原作漫画连载进度，为避免与连载中的原作漫画出现相互冲突，转为向原创故事发展，所以动画在剧情发展、剧情设定以及部分人物设定上均与原作漫画有一定的不同。
其中最为明显的就是，最后的boss变了，从瓶中小人变成了但丁。
那是一个女性角色，是霍恩海姆的第一任恋人……