三代目火影重新执掌了大权，这对于此时的木叶来说无疑是最好的消息。
对于火影事物无比熟悉的他，在一开始就制定了详细的村子重建计划，并对防御工事进行了更加细致的规划，预防九尾事件的再次发生。
木叶的所有人都投入了对村子的重建工作中，对于他们来说，这是一场陌生的工作。
木叶村在初期，曾有数次遭遇过危机，在那时也曾多次的重建。不过那都是在初代火影时期的事了，属于当时的村民早已不在。
对于现在的村民来说，早已习惯了享受木叶的一切，哪怕是在忍界大战时期，战火也并未真正的燃烧到木叶村内。
不过就算不熟悉，在忍者的帮助下，村子仍以一种极快的速度重建，三代火影每天都要忙至深夜，需要他处理的事情实在太多。
鸣人暂时被寄养在三代家中，由他的妻子琵琶湖代为照顾，只等鸣人稍大一点后便让他自立。
琵琶湖在当日并未死去，只是被带土击晕罢了。
忍者成熟的极早，根据三代计算，大概鸣人三岁左右就能独立生活了，当然，并非是完全让他独立，在暗中，还是会派许多人照看的。
但无论怎么说，木叶算是走上了正轨，不过其中有些事的种子却已埋下。
比如说……宇智波一族！
最后玖辛奈的遗言一直是三代心头的一根刺，因为玄字近乎没有出口，在三代听来，那句话就是“小心宇智波”，这让他时常在自己独自一人时皱眉。
对于宇智波一族，他可谓是伤透了脑筋，不光是他，历代火影都对这个问题伤透了脑筋。
九尾事件，在最初的时候他就感到一丝不对，按理来说当时的准备已经很充分，完全不该出现意外，可最终意外还是出现了，甚至四代火影和漩涡玖辛奈也因此丧命。
结合一切看，三代很难相信这一切只是意外，更何况根据他妻子琵琶湖的情报看，当时生产顺利，她们是被一个突然出现的黑衣人击晕的。