山，做起山野村夫来了。于凤君诸女也兴致昂然，洗尽铅华开辟了一块荒山，领着亲兵每日在天间劳作，种些蔬菜养起鸡鸭来了。马总镇，周部堂都放下身段开荒，可见岛上是何等壮观的一副景象，迁徙至台湾的沿海百姓超过了二十万。
二十万百姓聚居在淡水，万华两地，开荒建城，台湾三司也设在万华。台湾镇军大营则设在淡水红毛城，也就是荷兰人修建的军事堡垒，南居益已经招募了一万五千人，五千水军，一万步军，以开原老兵为骨干正在加紧操练。马城创造的士官制度再次发挥出奇效，一万步军经过了三个月的新兵训练期便大举南进。台湾南部是土著聚居区，人口几十万还处于原始社会，生活在终年不见天日的山里。
这几十万土著山民性情十分暴躁残忍，纯粹是没开化的野人。
深入山区的新编台湾镇军很快遭遇了土著的反抗，大部由新兵组成的镇军表现十分拙劣，前锋两个步营一千多号全副武装的人马，居然被凶悍的土著夜里袭营，炸营了，气的南居益狠狠砍了几个脑袋。只砍了几个脑袋也就罢了，因为大部分被俘士卒都无法追究责任，三百多被俘台湾镇军被残忍的土著通通砍了脑袋。
三百颗血淋淋的脑袋挂在树上，一片哗然，从南居益到普通士卒鸦雀无声。马城只有苦笑的份，大明将士没有海外扩张的经验呀，第一次试验性质的海外殖民就碰了个大钉子，整整两营武装到牙齿的明军，装备着欧洲最先进的重型火绳枪，居然被土著的木棒弓箭打的几乎全军覆没。
军民震动，训练不足的台湾镇军不得不停下来，边打边练。台湾巡抚南居益拿出真金白银，一道军令，凡在台湾行省登记造册的大明男子，从十六岁以上到四十岁以下，分批次进军营接受训练，接受为期三个月的新兵训练，真正的全民皆兵，也是台湾行省人口太少做出的无奈决策。
开荒的脚步停了下来，台湾三司开始集中兵力剿灭土著。和土著原始人没什么道理可讲，山中土著和野人没什么分别，一旦落入土著手中便死定了，