识的机器人的话，身体是硬件，意志是软件，灵魂是自我意识。所以，即便没有灵魂，条件达到，莉莉丝也会按照既定好的程序，开启生命进化的程序。
位于地底深处的黑之月也开始运作，大地剧烈震动，已近不属于地震的范畴，整个就是翻天覆地，大地引力变化，什么东西要冲出地面。
当然如果就这么完成第三次冲击，人类补完计划显然会失败，还有两个使徒没有消灭，它们不会让仪式顺利完成，人类进化所需的因子也不足，可以说，人类补完计划，就是抢夺使徒的进化成果，以此促进人类的进化。
色ele不会坐视不管，早早派出渚薰驾驶六号机，在第三新东京市上空待机，就是为了以防万一。只是事情的发展再次超脱了色ele的剧本，竟然同时出现两个使徒，nerv总部无法阻挡两个使徒，不得不让六号机加入战斗。
现在初号机觉醒，再次违背了色ele的剧本，第三次冲击即将爆发，让渚薰阻止第三次冲击……
如果以前，确实会听从命令，平静地接受自己的命运。如今渚薰的想法已经改变许多，
凭什么一定要人类完成补完？人类就真的优秀，真的算是成功的生命，注定是天地的主宰？
绝对不是，也许当初初始种族的想法本身就存在错误，人为影响生命的进化本身就是一个错误，初始种族也没说一定要人类获得最后的胜利，对于整个世界来说，怎么样都是无所谓的吧！比起那些，自己和自己在乎的人更加重要对吧！
nerv中央教条的废墟当中，碇源渡和冬月耕造艰难地爬出地面，正好目睹初号机的觉醒。
碇源渡希望初号机觉醒，并为此制定了详细的计划，就连他的儿子碇真嗣也只不过当做棋子看待。现在初号机觉醒了，但是似乎与他的计划并不同，他此时也不清楚具体状况。
碇源渡终究只是人类，什么总司令之类的头衔，也不能让他什么都不依靠就飞上天，满是阴谋诡计的大脑，也不会增加他一点体力。智慧当然重