2818年初。
赵阳站在学校操场中央，目光呆滞地望着四周面目全非的城市。金属质感的高楼大厦拔地而起，空中漂浮着各式各样的交通工具。操场上聚集了全校师生，大家都在低声议论着什么，似乎在等待某件大事发生。赵阳只是其中不起眼的一员。
然而，这些人并不知道赵阳刚刚经历了什么。仅仅一个小时之前，他还身处800年前的同一所学校区域，正在搜集情报。当时学校发生了一次爆炸，他被波及后昏迷过去，醒来时已经来到了这里。他穿越了，来到了800年后的世界。
赵阳在这里站了一个小时，即便融合了这具同名同姓的记忆，他仍不敢相信这一切。两个灵魂中的地图相互融合，让他确认了自己的位置没有变化，只不过一个是800年前的学校，另一个则是800年后的学校。此刻，他成了一名高中生。
不知是否巧合，融合的记忆显示，在他死亡的那一天，地球上一种特殊病毒泄漏扩散，末日随之降临。世界发生了翻天覆地的变化，曾经站在地球巅峰的人类被迅速拉下神坛。人类因病毒大面积死亡，仿佛瘟疫一般，而野兽却大多开始变异，变成凶兽，尤其是海洋中出现了如山般的海凶兽。
与此同时，一小部分人类也发生了变异，成为了初代基因战士。他们的身体变得极为强大，体质、敏捷乃至寿命都得到了全面提升，简直像是电影中的超人。
随着凶兽的入侵，人类开始动用核弹、氢弹等大型武器。虽然杀死了大量凶兽，却催生了更强大的变异体。奇怪的是，地球没有因为大量的爆炸而崩坏，反而变得更加稳定。
地壳运动使得陆地面积扩大，海中的凶兽爬上了陆地，占据土地，吞噬人类，导致人类死亡率急剧上升。世界各地的武装力量也纷纷瓦解。
到了2021年，不到三年时间，凶兽已经占领了地球一半的陆地，人类的生存空间仍在不断缩小。
2041年，经过二十多年的摸索，由初代基因战士组织的小规模反击开始