但到了东汉末年，政局发生了很大的变化，因为到处都有叛乱发生，地方管理的难度加大，于是汉室宗亲刘焉就向皇帝提出，四方多乱，非有资深望重的人不能震慑，所以建议乱的地方为州牧，不乱的地方为刺史。
朝廷听了刘焉的话，竟然觉得刘焉说的很有道理，于是就向几个州派去了州牧，其余的州还是叫刺史。
这个时候，东汉朝廷派出去的州牧，就相当于一个州的太守，是负责本州行政事务的，而不再仅仅是监察职责了，也就是说州牧一人就干着太守和刺史两个人的活儿。
比如，刘焉自己就当了益州牧，后来传给了他的儿子刘璋，再后来被刘备抢了去，刘表最先出任的是荆州刺史，后来才升为荆州牧，才成了荆州的最高行政和军事长官，并且没有人对他进行监管。
也就是说在东汉末年这个时期，州牧和刺史是并存的，有的州是州牧，有的州是刺史，而此时的刺史也不再仅仅是有监察的权利了，他们开始大量插手地方事务，渐渐地有了实权，甚至很多刺史都取代了太守的位置。
由于整个汉朝的制度是刺史每两年以轮换，所以往往一位官员在做了某州刺史后，如果压得住场子，朝廷就会将其任命为州牧，这样就可以长期留在整个州了，这在当时是被视为升官的。
到了后来，刺史和州牧几乎都成了一州最高行政长官的代名词，只不过州牧更加名正言顺，刺史则要差一些，这两个职位，在东汉末年到三国时期，是差不多的。
既然这个时期刺史、州牧实际成为了一州的最高长官，那么太守呢？理论上来说，太守只是一个郡的最高长官，太守是要听州牧和刺史指挥的，尤其是州牧，理论上是管的了太守的，但是东汉末年，黄巾军战乱，十常侍战乱，董卓乱政，使得这个时期成为了一个真正意义上的乱世，乱世便自然有乱世的道理，不能按平时的道理来推断。
根据东汉末年当时的情势，只要有有实力的人，就能霸占一块地方，而占了这块地方之后，朝廷也不得不