恢复不久之后，神域号上的人类经过讨论，决定利用基因克隆技术，克隆出一批人类出来，然后把这些克隆人类播种到崎普拉大陆的各个地方，让他们各自发展。
五千多年之后，神域号飞船上的人类当年播种到崎普拉大陆上的克隆人类成功的存活了下来，并在崎普拉大陆的很多地区，建立起了各自的部落文明。
神域号飞船上的人类见他们用克隆人繁衍出新一代人类文明的计划，获得了成功。在高兴之后，他们决定要以引导者的身份，启蒙这个新的人类文明去发展科技。
不过这个计划执行了一千多年后，就发生了超出神域号飞船上人类掌控的意外。
崎普拉大陆上的第二代人类文明，在经过神域号飞船上第一代人类，一千多年的启蒙引导之后，以非常快的速度跨过了部落时代、农耕时代、蒸汽时代、石化能源时代、电力时代。
第二代人类文明进入到电力时代不久，行星大气层内的世界已经不能满足他们的好奇心。于是，第二代人类开始把目光投向行星大气层之外的太空。
没多久，第二代人类的太空探索计划正式立项。几年后，第二代人类成功往太空轨道上发射了第一颗探测卫星。
然而，第二代人类成功发射了探测卫星没多久，他们便发现了位于近地轨道上的神域号飞船。这个发现，引发了第二代人类文明的集体恐慌。
而神域号飞船内的第一代人类幸存者们，也发现了这个问题。于是经过商议之后，神域号飞船内的人类决定把真相告诉给崎普拉大陆上的第二代人类。
然而，神域号飞船上第一代人类的坦诚相告并没有换来第二代人类的认同和理解。由于接受不了自己的文明，是被第一代人类利用基因克隆技术创造出来，然后人为计划引导发展的事实。
崎普拉大陆上的第二代人类直接对神域号飞船上的第一代人类选择了敌视，这种敌视，最终演变成了两代人类文明之间的战争冲突。
在“打倒太空恶魔”、“获取文明自由”等