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为了确保‘衣冠南渡’计划的成功，萧明乾将联合护卫军海军的大部分战舰都给派了出去。这些战舰，被临时分成了三个部分。
第一部分共计七十艘战舰，由赵永岩率领，全程保护运送移民的船只的安全。在这两个月的里，他们被命令在任何情况之下，都不能离开他们所护航的运输船只十里以上，他们的任务只有一个，不惜一切代价保证运输船只的安全。
第二部分共计一百艘，由童子豪率领，石元为副。负责寻找时机，歼灭西班牙舰队主力。萧明乾自知对海战并没有天赋，而且这些年来，他也没有在第一线率领过海军作战，所以他将作战的主动权，完全交给了童子豪和石元，给他们的任务只有一个，在确保损失不大的情况之下，消灭西班牙舰队的主力。并且在此基础之上彻底封锁马尼拉。
第三部分共计五十艘，由金路率领。负责担任警戒任务，阻挡有可能出战的孙新舰队，和并不是非常令人放心的荷兰舰队。
不过，在‘衣冠南渡’计划刚刚开始的时候，除了第二部分正在南洋给予西班牙人持续的压力以外，第一部分和第二部分，正同时担任首批运输船队的护航任务。毕竟万事开头难，一旦第一批成功了，那么后续的就好办多了。
一千二百艘大小船只，再加上一百二十艘海军战舰，这个规模是这个时代所从未见到过的庞大船队。从早上七点开始，一直到两点左右，所有的人员物质才装船完毕。在萧明乾一声令下，整个船队浩浩荡荡的开出了台中港，向南驶向茫茫大洋。
“督军大人，这‘衣冠南渡’已经开始了，是不是该确定吕宋的主要官员的人选了。”目送这个庞大船队慢慢离开，平复了激动的心情的陈元贇提醒萧明乾道。
其实在一开始，陈元贇就跟萧明乾提过这个问题，但是当时萧明乾并没有做出决定，因为在萧明乾看来，在战争阶段，吕宋这样新占之地，最好是实行军政权利较为集中总督制，赋予派出去的官员一定的军政专断之权。