在捕鱼修炼之余，张元敬开始习练如何用今法炼丹。
但凡炼丹，需要丹方和法门。通常，丹方在载明药材种类和比例外，会扼要说明炼制之法。
比如，阴阳造化炉提供的益神丹丹方，就写明要以阳火阴火轮替烧灼九次，每次三息，然后两火同时灼烧至纯黑。若无此提点，仅靠三种药材，想要炼出益神丹，无异于白日做梦。对于当今修真界常用的丹药，也是如此。因此，他只能用古法炼古丹，今法炼今丹。
炼药是今法炼丹的关键一步，炼药质量不过关，所谓的烧丹就是一句空话。使用的材料自然是炼制百灵丸的几种药材，主药名曰五行草，辅药则有金星子、涵榆果、艾柊根、溧元草、三阳草等，另外再添加一种金石之药，名为紫云石，用以冲和各药。
这几样灵草，品阶较低，并不难见，只在郭氏四筑基、灵运子、灵枢等人储物袋中便找齐了，又在之前学习炼丹术时多有培植，故数量甚多，而紫云石是常见之物，他在蒙山中便搜寻到百斤之多。
百灵丸在炼药上，分为三个步骤，首先是将所有药材混合在一起捣碎，力度必须适中，且每一捣需用力均等，不疾不徐，否则，要么用力过甚而药力受损，要么用力不足而药性未合。
第二步则是将紫云石研磨成粉，以药匙将捣碎的药糊挑出拇指盖大小一团，再将紫云粉慢慢洒上，直到这团药糊凝固成丸、通体发紫即可。这一步看似简单，却十分考验眼力与手力，紫云粉过多则成丹时丹丸易废、少则成丹时丹丸易散。
第三步则是将凝好的丹丸放置于灵力充沛的特殊器皿之中结固，通常在七天左右。经此三步，便制成了原丹。
捣药是个细密功夫，考验不止在耐心上，更在灵力的精细控制上。耐心张元敬是不缺，但对法力的精细控制，则是他的弱点。一开始捣药时，往往不过捣个几下，力度就不知不觉变重，待察觉过来后，药力已损。他也不停，继续练习，直到药材全部成为药糊。
按照秦武同、郭宇清的说法