萨法维军在坎纳诺尔的小打小闹虽没能荡平葡萄牙要塞，可这相当于公开在副王的脸上狠狠地扇一耳光，这让葡萄牙人怒火中烧。
可夏季已经来临，他需要为夏末抵达的香料船队准备货物，集结在科钦的战舰还在接受临战前的维护，更别提因为季风而变差的海况。
时间在紧张的备战中快速流逝，今年的香料船队十分顺利地于秋初抵达印度，不过来到印度的不仅有增援，还有来自国内的一封信。
副王查看着来自国王陛下的最新指示，可曼努埃尔在信中冰冷的行文让阿尔梅达感到惶恐，他能明显看出国王的疑心。信中列举了副王在宫廷中的政敌和不满的船长所指控的各项罪名——未能按照计划封锁红海、控制马六甲，没有及时向宫廷汇报，管理不善，越权行事等……
最糟糕的是，曼努埃尔虽然没有就这些指控治阿尔梅达的罪，可也没有袒护副王，只是冰冷地命令由阿尔布克尔克接任印度总督，他则在次年一月随船队回国。
看完由国王亲自下达的命令，阿尔梅达感到一股无奈涌上心头，无论如何，这都是他在印度的最后一战，在卸任前能做的最后一件重要的事。
他继续若无其事地行使权力，先是接着为科伦坡输送增援，让阿尔布克尔克和洛伦索安心巩固在锡兰岛的据点。而后又与香料船队的司令官谈话，得到增援的他还想要尽可能多地增强己方军力。
至此，他已经在科钦集结了一支在当前的印度洋最强大的舰队，包括旗舰海洋之花号在内的5艘卡拉克船，4艘小卡拉克船，6艘方帆卡拉维尔——拥有更大更重船体，额外装备方形风帆的改进形卡拉维尔——2艘卡拉维尔和4艘桨帆船，共计2艘齐装满员的战舰。
舰队正式出征前，副王最后在船舱内给国王写了一封如同遗嘱的自白书，打算让回国的舰船夹带给他。将信件封印好后，相信已经做好全部准备的他下令舰队起锚扬帆，向北航行，目的地便是穆斯林舰队聚集之处，“邪恶的毒蛇巢穴”——果阿港。