瓦斯科达伽马的凯旋给葡萄牙宫廷打入了一针强心剂，仅仅半年过后，曼努埃尔就再组织了一次远航。他动员了葡萄牙宫廷能榨取到的一切资源，再加上佛罗伦萨和热那亚银行家的注资，葡萄牙舰队比第一次抵达印度时要庞大的多。
集中了上一次远航所获得的知识和人员，负责统领舰队的外交官佩德罗阿尔瓦雷斯卡布拉尔收到了一份精心准备的指示以指导他如何平息达伽马在卡利卡特的外交闹剧以建设与扎莫林之间利润丰厚的友好关系及在印度的各种行事方案。
舰队自三月从里斯本出发，首先发现了真十字架之地，而后继续向东驶去，期间船员们观察到了天空中的彗星飞向东方，所有人都认为这是不祥之兆。
他们真的遇上了风暴，足足四艘船因此沉没，船员全部丧生，其中就包括在十二年前将此处命名为风暴角的巴尔托洛梅乌迪亚士。
出发时拥有十三艘船的舰队在此次风暴之后，去掉沉没的四艘和因迷路而折返的一艘，仅有八艘船在莫桑比克集结，前去东非补给，收获了莫桑比克苏丹的顺从和基尔瓦的接待，最后再次从马林迪出发前往印度。
此时的卡利卡特的老扎莫林已经驾崩了，但新君主的上台并不会改善葡萄牙与卡利卡特的关系。
葡萄牙人再次抵达卡利卡特，卡布拉尔依照指示命令船队下锚停泊，葡萄牙各船队形紧密，能用以装饰的旗帜全部挂了出来，尽可能地撑起司令官阁下的排场。
随后他们放下小艇，派遣人员上岸与卡利卡特交涉，卡布拉尔严格按照指示，在抓到人质作为预防手段前决不上岸。因为他们的恶劣行为，扎莫林也扣押了葡萄牙的部分人员作为报复。
司令官的登陆足足安排了一段时间，随员和礼物很顺利地抵达了扎莫林接见他们的大厅之中。此次曼努埃尔置办了比上一次奢华得多的礼物，随员们向卡利卡特方展示财物时也算能勉强入眼了。
不过意外还是出现了，葡萄牙方面的翻译因为种姓没有资格陪同司令官阁下觐