跟随母亲学习炼金术。就这样母女二人平静地生活了三年。三年之后，鼠疫终于蔓延到这个偏僻的小村庄，母亲努力制作药剂缓解黑死病给病人带来的痛苦，可是收效甚微，大批的村民死去，整个欧洲大陆被笼罩在黑死病的阴影当中。
此时教会担心，黑死病的肆虐和连年战争会动摇信徒们对上帝的信仰，由此导致神权弱化。于是他们编造谎言，将黑死病的原因归结于女巫。教会宣称女巫和恶魔缔结契约使用巫术残害生灵，这种行为触怒了上帝，所以上帝才会让鼠疫发生用以惩罚人类，只有杀光女巫，人类才能获得救赎。在罗马教皇英纳森八世的一声令下，整个欧洲大陆掀起了猎杀巫女的热潮。在对上帝的信仰以及对黑死病的恐惧的双重作用下，没有任何科学意识的民众，毅然决然地选择了相信教会的决定。而当时对于一个女人是否是女巫的判定上，只有一个必要条件：有人告发你是女巫，那么你就是女巫。一经发现，人民有自主处置女巫的权力，不需要经过教会的监督和批准。就是在这样残忍至极、荒谬至极的命令下，数十万无辜女性成为了宗教的祭品和替罪羊。艾米西亚的母亲本就是炼金术士，自然逃不过这场浩劫。此时，艾米西亚的母亲通过几个月的研究和临床试验，已经可以制作出有效抑制黑死病的药剂，只需要再加以改进就能完全治愈黑死病。就在母女二人为此欢欣雀跃的时候，她们家的房门被撞开，随即大批的村民涌进家中，将艾米西亚和母亲绑了起来。村民们将艾米西亚和母亲绑在十字架上，在她们的脚下堆满了柴火。有人告发艾米西亚的母亲是女巫使用巫术制造药物，所以村民们决定烧死她们母女二人。艾米西亚气愤地大喊：“我母亲用的不是巫术，是科学。你们这些人哪一个生病了不是吃我母亲的药才好的，我母亲已经研制出了可以治疗黑死病的药，很快大家就有救了，你们要相信我！”手举火把的村民们都低下头不说话，在村长的一声命令下，他们点燃了艾米西亚母亲脚下的柴火，母亲对艾米西亚说的最后一句话是：“好好活着！”艾米西亚亲眼看