正统，为上秦，并谦虚地自称喀喇汗国为下秦，耶律大石曾经建立的西辽为中秦。
行前，辽王私下交代大能，让其在三个月内迅速消灭或打残帖木儿在南疆的势力，无论胜负，三个月后都要迅速撤军。
因为辽王暂时只能给大能提供两个月的粮草，后方也只能再给大能陆陆续续送去一个多月的粮草。时间超过三个月，就必须要考虑撤退。
十一月下旬，朱大能和武定侯郭英带领南路军摧毁了沿途小股帖木儿骑兵的抵抗，顺利进抵南疆重镇龟兹，也就是故唐安西都护府驻地龟兹，与两万帖木儿军展开激战。
龟兹守将马黑麻虽小，只有二十岁，却也是极擅长用兵的主。
他先是坚壁清野，将龟兹的数万回鹘、蒙古、突厥部众及其羊群、粮食尽数西迁，又利用龟兹城坚固的城防抵抗了四、五天的时间，逐步消耗了明军的锐气，最后才乘着黑夜带领五千多人沿着通往伊犁河谷的秘道，钻进了茫茫天山雪山之中。
马黑麻虽然因此冻死冻伤不少人马，但是仍然保存了四千精锐。
因为马黑麻坚壁清野，明军也没能在龟兹获得多少缴获。
可惜的是，朱大能在辽王的提醒下，只在焉耆留下部分兵力，防范帖木儿军从天山以北的伊犁内河谷南下偷袭，但没有防备，龟兹竟然还有一条通向天山以北的秘道。
十二月初，等朱大能带领主力继续西进后，马黑麻又带领四千精锐，从天山山谷中冲了出来，杀了龟兹守城明军一个措手不及，烧毁明军一批辎重。幸亏后面的明军战车营及时赶到，将马黑麻又撵进了天山山谷之中。
随后明军用五十辆战车封锁住天山谷口，马黑麻只好带领三千残兵败将爬冰卧雪，翻越冰川峡谷北上，等到达伊犁河谷东部的达那拉堤草原时，剩下不到两千人，战马尽失。
十二月底，朱大能率领的南路军主力终于到达南疆重镇疏勒附近。此时明军已是人困马乏，干粮用尽。
好在这里的回鹘和葛逻?部落在历史上和中