CE71年9月27日，地球联合军与PLANT之间的战争在第二次雅金杜维攻防战后落下帷幕，双方开始进行停战谈判，并最终在曾经的悲剧之地尤尼乌斯七号卫星上签订和平条约。
然而，明面上大规模的交锋虽然结束，但暗地里的袭击以及局部战争不时的发生，加上地球联合军主体大西洋联邦势力的缩水，南美合众国以及奥布联合酋长国包括地球联合军成员国之一的东亚共和国宣布独立，但，大西洋联邦仍然是地球上最强大的势力。
不过，由于尤尼乌斯七号条约的签订，大西洋联邦以及PLANT高层势力全部洗牌，大西洋联邦总统由蓝波斯菊扶持的科普兰约瑟夫担任，PLANT方面以吉尔伯特迪兰达尔为首的领办班子形成。
光阴似箭，岁月如梭，转眼间两年的时间过去了，此时的各国国力基本上已经恢复到CE71年时期的水准，世界的局势再次变的扑朔迷离起来……
地球，奥布联合酋长国新任首相卡嘉莉尤拉阿斯哈在一众人员的簇拥下来到PLANT所属的卡奔塔利亚基地，她要从这里出发前往PLANT参加PLANT举办的阅兵典礼。
在另外一边的站台上，隐姓埋名的阿斯兰萨拉正盯着最新的新闻资讯：
【昨日发生在大西洋联邦圣地亚哥市扎夫特军事设施的恐怖爆炸袭击事件，在后来的调查中认为极有可能是蓝波斯菊关联组织神圣大地所为，PLANT政府已经向大西洋联邦政府提出强烈抗议，同时要求对整个事件做出解释。】
看完这则新闻的阿斯兰萨拉走进了与卡嘉莉一道的穿梭机，因为他这次的任务是陪同卡嘉莉尤拉阿斯哈去往PLANT。
同日，宇宙，大西洋联邦代达罗斯基地，一位戴着面具的紫发少年看着地球上情报人员传来的消息沉默不语。
这位紫发少年便是我们的主角基拉大和，只不过，他如今的名字叫尼奥罗阿诺克，按照记忆，他在雅金杜维攻防战驾驶自由高达中与劳鲁克鲁泽的神意高达决斗，最终神