萧远清任东番民政主事，主管防区民事和城内防务；萧宏运任海防财政主事，主管防区财政；齐六任海防澎湖千总，驻守澎湖；贝尼托则担任海防大臣顾问。
早已从马尼拉回来的雷蒙德被任命为海关税务总监，负责配合齐六设卡收税；杨一龙任海防团结城千总，驻守团结城；马三任海防衙门游击将军，青山任陆战炮营千总，小钟任海防大臣近卫队把总。
原来的辽东出身的家丁刘良栋因训练骑兵得力，被任命为海防衙门骑兵营把总。同时以朝廷名义任命各迁徙聚集垦荒的村镇乡老、村长，向高山各部族赐族旗，印章。至此，东番初步以朝廷名义建立管理体系。
被萧震用从京师带来的空白告身任命的一众人都是激动不已，一直以为自己都是干的海上杀人越货的海贼勾当，冷不丁的成了官军，这忠心值倒是蹭蹭上涨。
但萧震知道，这些除了对自己的感激，更多的是对朝廷对大明的忠心。要是自己扯旗造反，原来没有官身时多半还能跟随，这有了朝廷任命后估计不把自己砍了献给朝廷，就算念旧情了。
所以革命尚未成功，自己还得啊，这可是“福报”。
完成东番军政框架搭建的萧震，马上对原有兵力进行重新扩编和部署。
齐六领火枪兵驻扎澎湖两主岛堡垒，一级战舰艘，二级战舰艘，负责巡访海峡配合雷蒙德对过往船只抽税。
杨一龙领艘一级战舰防护团结城，另四艘一级战舰加上陆续新造准备开始列装的艘一级战舰组成镇海舰队，由萧震总领，负责东南海防巡查。
除了调派澎湖的一营五百人全是老兵外，剩余的火枪兵、斧枪兵人，同在大陈岛初步训练的两千壮丁中的人混编，以老带新，加紧训练，形成战力后改编。
先设三个城防营，包含火枪兵、斧枪兵和岸防炮兵合计人，训练后交萧远清负责团结城防；剩余人，组建一个人的骑兵营，两个人火枪兵营加上原来的荷兰雇佣兵人组成的