期将集，但这个事情却被降了清朝的士绅谢三宾所告发，引清兵来攻。
结果前军张有功被清军抓捕，然后死了。中军与百夫长十二人，想着第二日绑缚李长祥进献给清军作为投降的礼物。
但第二日清晨起来，这十二人忽然自言自道：“为何要被迫杀忠臣？”于是这十二人折矢扣刃，偕誓而逃。
李长祥就这么莫名其妙地逃过一劫，果真应了自己的名字“长祥”二字。
而之后李长祥扮做乞丐藏匿于舟中，来到了绍兴城。
李长祥在绍兴居住数日后，事态越来越紧急，于是李长祥又逃到了奉化，依靠平西伯朝先。
而朝先也是蜀人，李长祥得到他的帮助，又在夏盖山联合了一众人等，因此李长祥晋兵部左侍郎。
李长祥请求合朝先之众，联络沿海，以为舟山卫。此事被拥护鲁王有功，且在舟山有军队的大臣张名振忌惮，这张名振袭杀了朝先，李长祥仅仅得以活命。
舟山破了后，李长祥亡命江、淮间，清朝总督陈锦捕获了他，将他安置江宁。
这时金陵才女姚淑（一钟山秀才的女儿）倾慕李长祥之名，私自前往李长祥被人看守的地方，与李长祥论诗问艺，于是郎才女貌，一见钟情，形影不离。
被看守期间还有命中注定的正桃花来找李长祥，连爱情都是这么吉祥如意！
而看守者还说啥李长祥有所依恋了，对于反清复明的事肯定会有懈怠，于是偷偷放走李长祥。
李长祥和妻子两人即于康熙元年（1662年）逃离南京，由吴门渡秦邮，走河北，遍历宣府大同，复南下百粤。
天下大定后，李长祥和家人方迁居毗陵（今江苏省常州市），从此李长祥筑读易台，作文赋诗，以抒情怀，高风劲节，流露其间，所作《天问阁文集》也由此传世。
有人评价李长祥“以文墨书生，处军旅中，几十余载，间关万里，戎马俊他，亦奇人也”（《天问阁集跋》）。
还有傅增湘认为：李长祥“智略