IJA第六师团，前身是明治政府废藩置县后，在全国统一军队后于1873年设置的熊本镇台。
1888年，日本开始积极备战对外扩张，痛感镇台制度不适应野战和对外战争，将其改为师团制，熊本镇台变成熊本师团，成为日本最早的一批师团，
第一任师团长是人称独眼龙的倒幕时期的土佐藩大队大队长，山地元治中将，下辖步兵第13、23、45、联队。
在甲午战争爆发后，该师团与第1师团组成了第二军，在辽东的花园口登陆，参与了金州战役，次日攻陷大连，又参与了旅顺之战。
辽东战事结束后，又被投入到威海卫之战中。
在日俄战争中，该师团同样编入第二军，先后参加辽阳会战、沙河会战、奉天会战。
在二次北伐期间制造了五三惨案，1932年调入关东军序列，参与了进攻热河的作战，占领的北路的赤峰地区。
七七抗战爆发后，该师团于8月1日第六次踏上中国的领土，带来了更多的苦难。
此时师团长为谷寿夫中将，参谋长为下野一霍大佐，坂井德太郎少将担任步兵第11旅团旅团长，下辖冈本保之大佐的步兵第13联队与长谷川正宪大佐的步兵第联队，牛岛满少将担任步兵第36旅团旅团长，下辖冈本镇臣大佐的步兵第23联队与神田正种大佐的步兵第45联队，
另外还有骑兵第6联队，野战炮兵第6联队，工兵第6联队，辎重兵第6联队，通讯队，卫生队，第1、2、3、4野战医院等单位，隶属于华北方面军第一军，参与了保定战役。
后因为上海战事未决，编入第十军后在杭州湾登陆，参与了苏南追击、南京战役、徐州会战、武汉战役。
后编入第十一军接连参与了三次长沙会战，于1940年进行改编，成为三联队单位制师团。
1942年11月16日，第六师团被调往太平洋战场，担任布干维尔岛的防卫工作，被美澳军的攻势打的连连败退，最终于1945年