躺在床上的马克回忆起了忍者神龟：变种时代的剧情，这部片子讲的是一个日本的帮派“大脚帮”在美国这边搞风搞雨，敲诈勒索一些大公司。
而其中的一家研究生物的公司“赛克斯公司”，研发出来促进生物进化的血清，得知此消息的大脚帮当然要来抢一手，这个科研成果拿到手就是一个能不断下金蛋的鸡，哪有不收入囊中的道理。
然后就是一系列的恐怖袭击，抢夺实验成果，然后不出意外的，被研发出这个血清的科学家阻止，并且把实验资料全部销毁，只剩下作为实验生物的四龟一鼠。所以大脚帮的人当然不可能放过他，直接杀人泄愤，并且把现场伪造成实验事故。
而这四龟一鼠被科学家的女儿随手带到实验室外面，侥幸逃过一劫。（这时的少女还在上小学，不知道四龟一鼠是实验用的动物，以为是自己养的宠物，还给他们起了名字。当然把实验生物带出实验室这一个是个很糟糕的举动，会导致一些危险物质泄露，大家要引以为戒）
然后这个少女也没养多久，就把这四龟一鼠放生到了下水道里。后来血清生效，四龟一鼠快速进化，体型变大，智慧发达，整个身体趋向人类，变成直立行走。并且在下水道中安家，偷偷学习外面的人类世界，尤其是武术，他们身处的年代，正是东方武术兴起的时代。
等到女孩长大后，训练有成的四龟瞒着老鼠，偷偷跑到外面行侠仗义，多次打击大脚帮（冤家路窄，因为他们还记得当时在实验室中的事情，打击大脚帮的人是为了报仇），之后被成为记者的女孩偶然发现。
美国记者嘛，大家懂的都懂，哪里危险哪里钻，最典型的记者就是路易斯·莱恩，不过她有超人保护，可以往死里浪，反正超人兜得住。而这个女孩也差不多，有四只乌龟暗中保护。
但是坑还是得坑，就在四龟把女孩带到基地的时候，女孩的手机被定位，大脚帮的人直接找上门来，把他们的老窝给端了。
抓起他们用来抽血做实验，打算逆向还原出血清。后