府开始执政后，驻京的内外蒙古王公们，以贡桑诺尔布、阿穆尔灵圭等为首，以外蒙古八十六旗、内蒙古四十九旗代表的名义，成立了蒙古王公联合会，代表蒙古王公的利益登上政治舞台。蒙古王公联合会顺应形势，随风转向，改变立场，表达对共和的妥协愿望，唱出“赞助共和”的调子。
一九一零年八月，北京临时参议院通过了《关于满汉回藏各族待遇之条件》，共七条。其核心内容是维护蒙古王公贵族的私产、王公世爵制度“概仍其旧”、对喇嘛教信仰自由。以此为起点，内外蒙古王公贵族阶层，开始明显地分化，以蒙古王公联合会为代表，团结绝大多数王公贵族和上层喇嘛拥赞共和，高举爱国的旗帜，与各种形式的民族分裂势力展开了斗争。
一九一一年初，内蒙古科右前旗郡王乌泰公开响应外蒙，宣布独立，并且组织队伍进行大规模武装叛乱。乌泰在本旗及周围各旗煽动蛊惑，挑唆民族仇恨，号召蒙民起事，驱逐汉人。为号召更多不明真相的百姓，他还特别唆使本旗地位最高的活佛葛根，号召全旗各寺庙喇嘛奉经念佛，散布种种谣言，蛊惑群众。同时，库伦政府支援乌泰俄国“别列达”枪1200杆，子弹50万发。另有外蒙军四、五十人也秘密前来，帮助乌泰。
但是，妥协和退让，并不是新政府的本质，乌泰显然是估错了形势。只要他们赞助共和，维护统一，政府可以暂且不动。但全力确保内蒙，向外蒙进行威慑和渗透，是新政府的既定方针。武装叛乱既然已经出现。就断没有再姑息迁就的道理。否则，难免会有人跟着闹腾，使得蒙古局势更加混乱。
由总统任主席，国务卿、国防部长、参谋总长、陆军总长、海军总长、国安部总长为委员的国家安全委员会。迅速做出决定，电令东北军区司令员姚雨平“乌泰附合库伦，逆迹昭著，如再隐忍，势必牵动全蒙盟。即三省亦无宁日，现经国家安全会议决定，由你派员前往科右前旗对乌泰进行劝谕，先抚后剿，随抚随剿，若和平劝告失败，立即以兵力剿办，并驻兵内蒙，以