在打败唯一光撒之后不久，阿尔法兽与黑光等人便回归了主宇宙，即使他们想在那个世界多停留一阵休息休息也没有这个机会了，毕竟整个宇宙都已经没了……而之所以他们不继续像之前一样，马不停蹄的继续进行狩猎则是由于在这一次的战斗中黑光一次性吸收了整个大宇宙外加唯一光撒的庞大数据，数据量得到了空前巨大的提升，因此他必须要花点时间来消化这庞大的数据，并将其转化为自身的力量，若是不这么做的话，那么以他现在的体量而言无异于一枚行走的炸弹，一旦力量暴走，那后果必然是灾难性的，至于唯一4位面那些存活下来的数码兽们，也跟约定好的一样，跟随着他们一同来到了主宇宙，这也使得这个冷清的世界渐渐热闹了起来。
可以说，主宇宙的历史就是战争的历史……最初之时，有主宇宙的黄龙兽在位，镇压天地，可是一阵诡异的波动自虚无中来，摧毁了正在逐渐形成的秩序，六颗神秘的无限宝石一同降临，黄龙兽的时代就此逝去，天下亦开始大乱。
在那之后，最初的数码兽们分为了高阶天堂与烈焰地狱两个阵营，彼此之间攻伐不断，千百年来战火始终没有熄灭过，人形与兽形之间的矛盾也在那时悄悄埋下了隐患，随着时光的流逝，这样的矛盾终于是再也无可调和，以最糟糕的形式爆发了，三大天使内战，高阶天堂分裂，基路比兽带领兽形出走，这才有了后来的无限森林，天堂与地狱双方均在这场冲突中损失惨重，之后更是有奥创凭空降临，拉开了奥创纪元的序幕，将整个主宇宙，不，是整个多元宇宙都拉入了一片恐怖之中，当然也是在那时，超越者再现，引导着名为小光的少年降临此世，这次有了他后来传奇般的经历。
此后的主宇宙又先后经历了光暗大战，基路比兽叛乱，木偶兽暴走，黑暗虚空入侵，远征阿撒托斯，小光与启人，奥创的内战等等事件，可以说，战火不但没有减少反而还越来越多，这样的主宇宙早就已经被连续不断的战火折磨的疲惫不堪了，经历了这么多之后，存活下来的数码兽数量已经