此时此刻的主世界。
奥创已经通过信使将秘密入侵的事情通报给了无限森林和高阶天堂，可是却并没有得到双方的重视，神圣天女兽和莫斯提兽均认为这又是奥创的什么伎俩，纷纷无视了这个情报。直到之后的某一天里发生了那件事，彻底震惊了两大天使与莫斯提兽他们，与此同时也终于是彻底拉开了秘密入侵的序幕。
那是一个十分平常的早上，神圣天女兽与莫斯提兽在进行了例行的联络之后，决定各自派遣一只小分队去两个国家的边境碰头，由于无限森林在之前的事件中受到了十分严重的损害，因此高阶天堂决定为无限森林的国民们提供补给，帮助他们度过难关，这次的碰头就是为了确定补给的清单。
然而……这两只小分队却遭遇到了神秘势力的团灭。
当然，若仅仅是如此还不足以使双方的高层们震惊，这只小分队的成员们都是些成熟期的数码兽，哪怕是两三只完全体都足以团灭他们了，数码世界高手如云，其中不乏那些脱离社会关系而存在的独行侠，因为惹到了他们而被团灭的事件也不止一次两次了。
真正令他们震惊乃至恐慌的是后面发生的事情……
莫斯提兽派了搜索队前去搜查，却从这两只队伍最后的碰面地点带回了令人难以置信的东西——五具矮小焦黑的尸体。他们死去之后并没有如同数码兽那样数据化，而是将尸体保留了下来，很显然，这些东西并非是数码兽，或者并非是纯种数码兽。
与奥创之前所传递的信息一模一样……他们已经遭受了秘密入侵。
仅仅九人的队伍，就有五具尸体，已经有五个人在不知不觉之间被取代了。
事实摆在眼前，莫斯提兽和两位至高天使已经无心对这次袭击的幕后黑手进行调查了，他们不得不接受奥创所提及过的——他们的世界已经被严重渗透，这样一个现实了。
与被取代的数码兽们完全相同，无论是外貌，能力，亦或是日常举止行为，乃至是记忆，一切的一切都一模一样！完全无