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在那颛顼被黄帝招回之后，没有过一年，年满二十岁的颛顼就被黄帝派往南蛮治理以蚩尤遗族九黎族为主的南方部落，而就在这个时候，那颛顼发现了一个问题，那就是九黎族仍信奉巫教，杂拜鬼神，而且在得到黄帝的允许之后，这信奉巫教，杂拜鬼神的情况也越来越严重，其中以巫族血脉的巫师开始掌握了部落之间的大部分的权利，而且这九黎族中主要信奉的就是巫族的大巫蚩尤、大巫九凤、和大巫刑天，使得九黎族开始和那黄帝所统辖的中原地区有了隔阂，而且似乎是巫族之中为了保全那九黎族中使巫族占有主导地位特地让那大巫九凤冲出了地府来到九黎族中，掌控起那在九黎族中的巫师，以巫师之权开始控制九黎族的发展，而且由于那大巫九凤的现身，那远在东海的东夷族也开始盛行巫教，并开始也由那巫师掌控部族权利的趋势，而且由于那大巫九凤的存在使得原本分隔两方的两大族群，渐渐有了合而为一的趋势，而在此之后，这南蛮的九黎族和东海的东夷族互通有无，使得这两大部落实力大涨，逐渐有了叫板中原地区的实力，而且那黄帝派往治理九黎族和东夷族的颛顼和那少昊在部族之中的权利也在逐渐的压缩，那颛顼和少昊要在自己所管理的部族之中要发布一项命令，还要让部族之中的各个巫师的准许以及最后做主的大巫九凤的同意才可以颁布，让心高气傲的颛顼份感憋屈，但是自己的祖父黄帝所下的命令，准许九黎族的人信奉巫教，所以那颛顼也不好反对，但是对于那巫教巫师可以抗衡首领的权利在颛顼的心中深深的扎下了一根刺，在此时的时候那颛顼下定了决心要杜绝巫教，剿灭那些胆敢染指权利的巫师。
没有过多久，那颛顼达成心愿的机会就要来了，那黄帝御女三千之后将要乘龙飞升至火云宫，这时候这黄帝的位置就空了出来，于是黄帝就想挑选接班人，这时候黄帝就看中了那有治理部族经验的颛顼，于是在黄帝乘龙飞升之后，那颛顼就成为了黄帝之后的第二位共主，由于颛顼所居玄宫为北方之宫，北方色黑，五行属水，因