大蛇丸的叛村的原因，背后自然还是团藏在推波助澜。
作为曾经的同伴，团藏太了解三代火影了，眼下的三代火影无非是看到砂隐村的四代风影跟云隐村的四代雷影都已经开始在忍界崭露头角。
所以想借着这个风向，也顺势让大蛇丸在第三次忍界大战中成为四代火影。
但是他团藏岂会让三代火影如愿？在大蛇丸正式被任命为木叶作战总指挥同夜，团藏就命人暴露了大蛇丸的各项禁忌实验的情报。
另外一方面，他同时还暗中接触了大蛇丸，并且两人似乎也达成了某种交易。
但总之，最后大蛇丸居然答应了团藏的提议，在这个节骨眼上，选择了叛离木叶村。
跟砂隐村的忍战还没有开大，木叶村的内部便已经开始内乱了。
本来被任命为总指挥官的人，居然是一个会对同村之人举起屠刀的刽子手，这样的人别说担任四代目火影了，就连当这次的总指挥，木叶的忍者们也是不服的。
这样的突发状况，把三代火影也搞懵了，他很想帮大蛇丸辩解，但是刚刚他到手的情报，却称得上铁证如山。
并且当三代火影一身戎甲，赶至大蛇丸秘密实验室的时候，入眼所见的一幕，也当他感到头皮发麻。
三代火影是一直知道大蛇丸喜欢搞研究的，但是他却没有想到，大蛇丸居然玩得这么大。
而且拿同村之人下手，这件事情如今在木叶已经不是什么秘密了。
即便是作为火影的猿飞日斩有心想要保下这个得意弟子，现在也是完全做不到了。
一番“激战”之下，三代火影成功放水的让大蛇丸逃走了，但是木叶却再次因此少了一员大将。
自来也得知基友居然背叛了木叶，一脸不信的闻讯追去，但是结果却被胖揍了一顿，最后一脸失望的独自回来。
白牙死了，大蛇丸又叛逃了，那么剩下能够担任总指挥官的存在，自然就只剩下自来也了。