陈澧亦遵阮元教诲，兼采汉宋，并始终对西学保持关注。陈澧所收学生也有不少在晚清进入各个督抚大吏幕府，为新的时代贡献了自己的力量。清末之际力图变法的维新派领袖梁启超，少年时亦曾在学海堂就读。
而告别陈澧，主持了家庙祭礼之后，阮元便即自觉病势沉重，一二日间，竟至病危。刘蘩荣也立刻从镇江请来了蒋宝素为阮元诊治，可蒋宝素为阮元诊脉之后，却只是一声叹息，向众人道：
“太傅、刘夫人，人生俱有天数，非医者所能违逆，如今太傅的天数……已然尽了……”
“是吗……”阮元听到这个结果，似乎并不失望，而是一如既往的平静，诊脉之后，阮元还特意嘱咐刘蘩荣，自己一生荣华至此，早已知足，切莫因蒋宝素不能医治之故，竟而责难于他。
初十日入夜之时，阮元也将家中众人尽数召集到于内院之中，又对众人耐心嘱咐了一番，先前遗嘱已经立下，便不再重复。此外，阮元也让阮恩来主笔，为道光写下最后一份遗折，道：
本年入冬以来，精神渐衰，药饵无效，元气日竭，病势益增。桑榆之景莫追，犬马之情何及。虽连年东南水患频仍，群黎待拯，皇仁宽大，发帑赈饥，嘉惠元元，至优极渥，保邦之道，莫要于斯。臣愚伏愿皇上治益求治，安益求安，勤抚驭以靖边陲，谨盖藏以裕储积，修河防以兴水利，严捕务以厚民生。臣待尽余生，语无伦次，不揣冒昧，用陈数端，伏唯圣主慈鉴，则臣从此长辞圣世，毫无遗憾……
遗折写毕，阮元便即不言，平静地安享最后的人生，等待归去之时的到来。