松筠、卢荫溥二人参与其间，但二人任职时间不长，大学士长龄一度在军机处任职，道光四年之冬也被道光改为专任理藩院。而道光四年冬天，军机大臣黄钺也因为年事已高，向道光上疏请辞。道光便将新任左都御史王鼎、兵部尚书玉麟补任进入军机处，王鼎即是先前阮元巡抚江西时的学政王鼎。如此军机处变为曹振镛、文孚、王鼎、玉麟四人。至道光五年，又补进蒋攸铦。
孙玉庭罢相夺职之后，之前的广东布政使，这时已经在江苏逐步升迁的魏元煜接任两江总督。而孙玉庭之事也很快传到了广州。阮元听闻孙玉庭被道光免职，却也吃了一惊，回想五年前嘉庆在圆明园会宴六大总督，尚与各人约定十年之后重聚。可是五年过来，嘉庆已然驾崩，方受畴、伯麟、黎世序均已不在人世，这次孙玉庭被罢官，多半也无法东山再起。七人中还在官场任职的，就只剩下了自己和蒋攸铦二人。阮元担忧之下，也给蒋攸铦去了书信，提醒他务要谨慎行事，切莫因言辞激切，竟被曹振镛所针对。
不过孙玉庭的结局尚属平稳，次年春天，高堰决口便渐渐被成功封堵，道光眼看孙玉庭在河工尚能任劳任怨，在两江总督之任上任职近九年，并无大过，办事亦属勤勉，便不再对他进行追罚，只让他回归山东济宁老家。十年之后，八十四岁的孙玉庭方才去世，而山东济宁孙氏犹为鲁西大族，道光之末，孙玉庭之孙孙毓溎尚能考中状元，晚清之时，孙玉庭之孙孙毓汶亦曾为军机大臣。
道光五年之春，经过大半年的修建，粤秀山山脚之下，阮元精心修筑的学海堂终于完全竣工。一时粤秀山脚学舍鳞次栉比，学堂厅室林立，学堂之后，又有阮元依山所筑几间小斋，名启秀山房，学子闲暇之时，亦可游览粤秀山胜景，粤秀山高处亦建一亭，曰至山亭，可以俯瞰广州全城，行人所见，亦自嗟叹学海堂之规模。这年正月二十日阮元六十二岁生日当天，阮元也谢绝一切督院礼尚往来，亲自前往学海堂，与堂中诸生讲论学堂正式开办事宜。
无独有偶，也正在这一日，孔