为战事而设，是以时设时废，并非常任官职。譬如嘉靖时胡宗宪因防御倭寇之故加衔浙直总督，此浙直总督便专为海防而设，隆庆初便即废除，一共只存在了十几年。但明朝嘉靖之后，因北方蒙古边患、南方两广山民起事颇多，便将三边总督、宣大总督、蓟辽总督和两广总督四个职位一直保留了下来，到了万历之时，四总督渐成定制。后来明末民变渐起，明廷又大量在中原内地增设总督。
此后清承明制，但于总督一职上承袭的却是明末内地多总督并存的临时体制，而总督之职也因内地渐平之故，不再限于军务。至康熙平定三藩后，中原定下六总督之制，总督遂与巡抚一般，成为总制军民之封疆要任。后世总督一职又有增设，至乾隆中期形成八总督体制（即直隶总督、两江总督、陕甘总督、闽浙总督、四川总督、湖广总督、两广总督及云贵总督），地方上八总督十五巡抚并存的督抚制度，就这样一直延续到了清末。
总督本职为正二品，但进入乾隆时代，总督加兵部、都察院正职已成定制。阮元即将出任的湖广总督，又名两湖总督，全称即为“兵部尚书兼都察院右都御史，总督湖北湖南等处地方军务兼理粮饷”，乃是从一品之任。是故阮元心中也是感慨万千，想着自己考中进士至此已有二十八年，初任二品要职是二十一年之前，初任正二品侍郎，至这时也有整整十八年了，其中还做了十一年巡抚。虽有刘凤诰科场一案之故，可相比于年轻时升迁之速，如此正式升任一品之日，却实是来的有些迟了。
而阮元升任总督，也意味着总督一职之上旗民之数达到了平衡。因清初总督依然偏重军务之故，康熙平定三藩，确立六总督之后，总督便大多由旗人担任，康熙一朝总督大抵是满八旗与汉军旗各半，偶有一二民人总督。雍正朝一度增设至九总督，其中满蒙、汉军、民人大抵各占三分之一。乾隆时代则总督半数以上均为满八旗旗人，汉军、民人总督之和，仅数年可达半数。但嘉庆亲政之后，督抚多重实绩，旗民之限渐渐松动，嘉庆十四年后，汉军旗与民