丹徒，作为北府军先遣的刘裕兼程赶至丹徒城外。丹徒守军已无斗志，情形岌岌可危。
孙恩已经攻克丹徒城外蒜山，亲自登山擂鼓为攻城大军助威。
匆匆赶到的刘裕军不及休息，在刘裕的率领下以千人大破孙恩攻城的大军。
孙恩狼狈逃回船上，麾下部众投水而死者甚众。
然而，孙恩人多船多，见攻打丹徒失利，稍加修整后索性逆江而上，直扑建康城，而刘裕则率众镇守京口城。
可是天不佑孙恩，原本应该是东南风却刮起了西北风。孙恩的船只笨重高大，逆风而行，速度缓慢。原本一天的路程足足走了十余天。
建康城内，得知乱军将至，百姓惊恐不安，生恐孙恩进城后烧杀抢掠。
长江沿岸守护的军队与孙恩部多次交战，屡战屡败，唯有固守堡垒，不敢出战。
为安抚人心，会稽王司马道子每日前往蒋侯庙，对孙恩行厌胜之术，而司马元显则大排筵宴，招待文武大臣，试图安抚人心。
正在风雨飘摇之季，豫州刺史谯王司马尚之领六千精锐赶至，屯驻在积弩堂，城中人心稍安。
等孙恩慢悠悠地来到建康城，得知豫州兵马已至，此时刘牢之也率北府军赶来，驻防在新洲。
机会已失，孙恩率军撤走，从长江入海转而北上，攻打郁州，另遣卢循率两万兵马攻打江北的广陵城。
卢循姐夫徐道覆颇有计谋，以诱敌之计引广陵城中守兵出战，杀三千人，夺取广陵城。
得知孙恩攻打郁州，刘牢之派其婿宁朔将军高雅之前往郁州追击孙恩，结果反被孙恩所擒。
荆州江陵，桓玄得知孙恩逼近建康，当即奏本要率军东下平乱。
司马元显惊恐万分，恰好此时司马尚之到来，孙恩退走，忙以天子名义下诏阻止桓玄东进。
屋漏偏逢连夜雨，魏皇拓跋珪得知晋国境内战乱，派衮州刺史(魏)长孙肥率军两万，南渡黄河，夺取晋国疆土。前年秦军攻洛，杨佺期向魏国求