救世绝学，医者都教育弟子们远离纷争、远离恩仇。
流沙
“术以知奸，以刑止刑。聚散流沙，生死无踪
流沙原本由韩非邀卫庄等创立，以达术以知奸，以刑止刑的目的。韩非死后，卫庄成为首领并调查韩非死因。现今的“流沙”除“四天王”，还有善于执行隐秘任务的“逆流沙”支部。
原为打败盖聂而与秦国合作，一日之内攻下墨家机关城。后来到桑海，在张良的劝说下暗中与反秦联盟暂时达成利益合作关系。
罗网
天罗地网，无孔不入
赵高庞大而神秘的组织。在七国之内编织着一张无形的巨网，大量吸收亡命死囚、流浪剑客，加以残酷血腥的训练。将他们培养成致命的一根根毒刺，如同一只只潜伏在大秦帝国阴影中的蜘蛛，时刻守候着落入网中的猎物。
（注：《秦时明月网页游戏》中，P龙修、退隐江湖(本名鲁勾践)分别与第四部第二集的青年剑客、老年剑客建模相同，但仅为借用造型，身份、经历等设定完全不同）
夜幕
姬无夜的私人组织，掌控ha国命运。
由“四凶将”和“百鸟”等组成。“四凶将”是姬无夜最得力的爪牙，分别从军、财、政、谍掌握ha国，各自独霸一方；“百鸟”是直受将军府指挥的杀手团。