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杨嗣昌三月初一自缢身亡，万元吉和杨山松严密控制杨嗣昌自杀的消息，而是对外宣称杨嗣昌积劳成疾，呕血伤心而亡。万元吉一面料理军务，一面将杨嗣昌的死讯上报给崇祯皇帝，崇祯得到杨嗣昌的死讯后又恨又怜，恨杨嗣昌督师一年劳师糜饷不说，反倒陷落襄樊。怜的则是杨嗣昌忠心报国，却落得个出师未捷身先死的下场。
杨嗣昌督师的时候就有不少人攻击他治军无方，致使流寇纵横于川、襄之间，现在杨嗣昌一死，弹劾杨嗣昌的疏本络绎不绝。崇祯年间五十相，大多数都没有落得好下场，但是崇祯对于杨嗣昌的信任、眷顾却始终如一，他对身边的大臣慨叹：“督师功虽不成志堪怜悯，宜用辅臣礼归葬。”随后崇祯又下一旨：“督师阁臣杨嗣昌，督师功虽未成，尽瘁堪悯，与祭一坛，地方官护柩回籍。”
杨嗣昌一死，崇祯感到大臣中再也没有如同杨嗣昌一般的能臣，除了杨嗣昌他就信任的就是蓟辽总督洪承畴，但是洪承畴在关外与东虏正在苦战，根本就不可能调回来继续剿寇。思考了两天之后，崇祯终于下了决心，那就是扩大孙传廷的职权，加孙传廷兵部尚书衔，督师各镇，全权负责剿寇事宜。同时崇祯也知道杨嗣昌之所以如此，都是因为左良玉跋扈不服调遣所致，因此心中对于左良玉也非常不满，要是搁在别的总兵头上，恐怕崇祯早就派出缇骑杀左良玉以泄心中怨气。不过左良玉兵多将广。而且属下有不少都是投降过来的流寇，一旦杀了左良玉，恐怕这些人又得成为流寇，因此崇祯只好按捺在心中杀左良玉地想法，不过他也想给左良玉点颜色看看，以免左良玉更加骄狂自大，同时崇祯觉得田羽的山东镇不但军力强大，而且能精忠报国。因此下旨夺去左良玉平贼将军大印，仍以总兵衔视事，而迁田羽为平贼将军。
崇祯这个想法还最终没有定下来的时候，李仙风、孙传廷两人的疏本就到了崇祯的案头。崇祯听说张献忠、曹操入豫准备攻打开封，更是慌了神。李自成和张献忠时有摩擦崇祯等大明官员是有所了解