随即而来的是神原真司在黑市悬赏金的提高，一个还没完全成长起来的少年天才，在黑市的悬赏是高过他本身的身价的。
之后神原真司更是与波风水门、秋道丁座，以及原小队队长油女志微一起，频繁的执行A级和S级的任务。
期间神原真司参与了封印了楼兰古国的龙脉封印，但过程中却没有遇到时空来客，水门父子也没有相遇，这一点他能确认，因为他事后查看过记忆没有被封印的情况。
在草之国的对岩隐战场上，与波风水门一起前去支援木叶前线防御部队的神原真司，第二次遇到了爆遁狩。
今非昔比的神原真司轻易结果了曾经叫嚣要结果他，却被他废了左臂的爆遁狩，还消灭掉了爆遁狩率领的一整支岩隐爆破小队，及时为仅剩四人的木叶前线防御部队解了围。
神无毗桥之战后，接到野原琳求援的神原真司，还从岩隐精锐部队的包围中，救下了留下断后，拖延时间的卡卡西和迈特凯两人。
也就是在这一战中，卡卡西以千鸟切断了岩隐忍者发动的大范围攻击术式所制造出来的雷电，让千鸟有了雷切之名，在这之后没多久，木叶与岩隐的战争便彻底结束了。
木叶历四十六年，由于金色闪光波风水门在前线的突出表现，以大野木为首的岩隐高层抽调千名忍者，穿过草忍者村对木叶进行突袭计划遭到遏制。
在神无毗桥一战失利，补给线被以金色闪光波风水门为首的小队切断后，面对砂隐介入的岩隐，只好选择了和木叶和平谈判，结束战争。
当然这里面也有猿飞日斩认下了承认岩隐活动，放弃战后索赔权力的合约的原因。
也正因为此，为了对在战争中牺牲的木叶忍者负责，同时迫于木叶高层志村团藏的压力，全面承担责任的猿飞日斩才主动退位，辞去了三代目火影的职位。
不肯轻易放手大权的猿飞日斩，在与大名的会议上，直言自己的得意弟子大蛇丸眼中藏有恶意和野心，拒绝了让大蛇丸担任火影，随后提名徒孙波风水