要说起《尼尔*机械纪元》世界的故事，那就得往前推一推。
比《尼尔*伪装者》时间线更早的，那是《龙背上的骑兵》世界所衍生，由神明的恶，与人类的作死导致的悲剧。
于《龙背上的骑兵》时间线中，暴怒的神明降下神罚，主角凯姆与自己的契约红龙，与神明召唤的母天使大战，并穿越到了2核废水国ximxiu市内。
《尼尔*伪装者》的世界线里~。
凯姆最终战胜了母天使，但是自己却被自卫队的导弹炸死，红龙也因为契约的关系而-死亡。
母天使的到来，带来了异世界的病毒，可怕的白盐病由此开始-传播。
感染了病毒的人会变得凶暴，极具攻击性。
漂亮国这个时候使用了自己的拿手好戏，用核弹轰炸了xinxiu市。
核弹的确是炸死了所有的白盐病感染者，但是却让病毒蔓延向了全世界。
不愧是漂亮国和核废水国啊，真有你们的啊。
一个敢炸，一个“愿意”被炸，佩服，实在是佩服的不要不要的。
通过研究红龙的尸体以及异世界的魔素，证实了多重宇宙的存在，以及通过魔素可以生成魔法。
魔素是白盐病的源头，人类也从中开发出来新的科技。
于是在2人类开始执行了将灵魂和身体分离的格式塔计划。
灵魂抽离身体后不会感染白盐病，并且可以进行时空穿梭，回到过去来研究拯救世界的方法。
只是，灵魂在经过一段时间就会崩坏，然后死去。
为了寻找到灵魂不会崩坏的格式塔，掌权者向民众发放黑之书复制体，主角尼尔姐妹便是被强制抽离灵魂成为格式塔。
尼尔便是那个不会崩坏的原型格式塔，可以为其他格式塔不断提供魔素，使其不会崩坏。
但是尼尔的妹妹却发生了崩坏，人类掌权者以冰冻妹妹身体千年，在千年后所有格式塔一同回归为交易，和尼尔达成合作。