元化不要对别人说是他将孙元化救出来了，孙元化以为张楚还想在大明的官场上混，不想因此得罪皇帝，所以也就不提张楚救他的事了。
“您到山西有许多事情可以做，不但可以和孙先生一起研究科学知识，还可以做许多有益的事。对此我都可以提供帮助。＂张楚知道这些人能够背井离乡，是怀着拯救人类的理想的。
汤若望现在是无处可去，只好暂时留在了中阳。对于这样的人才张楚不会让他浪费，很快一大群年青人来到了中科院，围在孙元化和汤若望的周围，开始了研究和学习生活，两人很快就忙不过来了，汤若望的外国朋友也被找来为这些有着强烈求知欲的年青人上课。张楚要做的只剩下改善他们的生活条件，增加实验设备。一句话就是不断的投钱进去，至于什么时候能得到回报那就要看老天的意思了。
张楚并不心痛钱，他知道这些理念上的研究最终都会转化成生产力，他现在最为关心的是不要让这些知识泄露出去。为此他和郭西园一起研究制定了保密条例，派人加强了中科院和各地工厂的保卫，要求孙元化和汤若望的身份绝对不能泄露出去，中科院所有的研究成果都列为绝密进行保护。孙元化和汤若望等人对中科院内部的人都使用了假名字，除了张楚没有人知道他们的来历。
当孙元化在山西隐姓埋名之时，京师朝中发生了大事情，当朝首辅周延儒在与阁臣温体仁的权力斗争中失败，失去了皇帝的信任，首辅当不下去，托病辞官回乡了。这事与孙元化有关，却也不是完全因为他。
张楚将孙元化从镇抚司的监狱中偷了出来，并换上了一具与孙元化样貌相似的尸体。那尸体也仅仅是相似而已。张楚等人走后狱卒发现孙元化又如往常一样在那里大睡不起，也就没有人在意他，直到第二天连饭都没起来吃才感觉异常，进去看时发现早已没了气息。狱卒当时就看出这不是孙元化，但他不敢声张，收了钱放人进来看望孙元化，孙元化跑了这大家都脱不了干系。没办法只能报孙元化在狱中死亡，信息一层层报了上去。