如此，十七日，康熙帝过涿州，二十四日至济南府。
二十六日，康熙帝登泰山，驻泰安州，命免南巡所经过山东二十四州县康熙四十一年未完钱粮，山东受灾歉收二十五州县康熙四十一年未完钱粮豁免上交。
二十九日康熙帝渡过黄河，在桃园乘舟，至淮安府，沿途视察河堤，指示河工传旨张鹏翮，永定河修筑挑水坝，很有效益，应遵照式样，在黄河烟墩、九里岗、龙窝三处筑挑水坝数座，试看有无效益。可速备贤能官员，多备物料夫匠，在回銮之前完工。
四月一日，康熙帝经扬州、镇江、常州，抵苏州。
十一日，康熙帝抵杭州，检阅驻防官兵，并赏给银两十八日，康熙帝离杭州。
二十日返苏州，向大学士们指出：大凡居官，固贵清廉，尤必和平，始为尽善。为督抚者，以安静不生事为贵。
二十一日，谕各省督抚等官各将藏书目录呈览。
二十二日，对大学士等再次强调：地方督抚安静而不生事，于民有益。如果只仗才干，不体谅下情，以此争先出众，百姓必受其殃。
二十三日，康熙帝离苏州。
二十六日抵江宁府，遣大学士马齐祭明□□陵，赏赐扈从官兵及驻防兵银两。
二十八日，康熙帝离江宁返京，舟经镇江、扬州、高邮、宝应，二十九日，登岸，察看高家堰堤，谕示防险人员应选比县丞职衔稍大，家产殷实者担任，此等人知自爱身家，又有选用之望，必能尽心防守。随后，康熙帝继续乘舟，经东平府、东昌府、沧州、天津卫，于十四日在扬州登岸，驻南苑。
终，于五月初五日返回京城。
然，还不待诸大臣从繁重辛劳的南巡途中缓过神来，康熙帝便以雷霆手段以索额图“议论国事，结党妄行”的罪名拘禁于宗人府内。
此命一下，举朝震动。
太子胤礽于乾清宫前长跪不起，言，索相乃是遭人歼污，见请皇阿玛明察秋毫，不要冤枉忠臣。康熙帝闻言大怒，斥太子不忠不孝