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黄兴出走，宋教仁遇刺，国民党三巨头顿失其二，这不仅使国民党内矛盾进一步激化，也加深了国共两党之间的裂痕。可是同时，却造就了一颗光芒四射的政治明星——段琪瑞，陆军部现任次长。
粗看起来，段琪瑞在国民党内资历甚浅。不过在普通民众眼里，他却是位家喻户晓的共和国功臣。这个曾为袁世凯臂膀的北洋旧军阀，凭借其年前的精彩表演，和一些人的刻意炒作，摇身一变，成了誉满中华的共和志士。
之所以将段琪瑞推上前台，其实正因为他在党内资历太浅。既无门又无派，也不是孙中山早期革命时的核心人物，所以他比绝大多数国民党宿老少了许多顾忌。在共同利益的驱动下，一些党政要员心甘情愿为他积极奔走。逐渐，一个彼此心照的共识迅速在以国民党为主体的临时参议院中形成了。
以孙中山的威望加共和党强援，若要在国民党内“倒孙”，那是痴人说梦。然而议会却是个例外的地方，议会是国家集中体现民意的机构，任何行政命令和党内指示都不能施加于议会，否则便是公然破坏共和，即使是孙中山也担不起这个大帽子。
1914年5月12日，临时参议院以三分之二多数通过《中华共和国临时政府组织法修改案》。要点是：将国家行政制度由总统制改成责任内阁制，设国务院，置内阁总理一职；总理由议会中的多数党经选举产生；总理对总统要办的事项，如不同意，可以驳回；总统颁布命令须由内阁总理副署才能生效。次日，段琪瑞当选中华共和国国务院总理。
段琪瑞上台后，立刻宣称要改进内阁各部的办事效率。他在就职演说中提出，国务院是国家办行政的机关，其中不应牵扯进过多的党派事务，要将国务院建设成超越党派利益的“超然内阁”，弱化党派影响。打着“国务院应多办实事，少谈主义”的幌子，却将一批激烈的排共分子安插进了各重要部门，对孙中山的军政分立令置若罔闻。
孙中山深感任用非人，怒不可遏，向参议院提出对