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全国平定后，陆少阳在中央党组会议上提出，为适应新的形势需要，应健全党的组织机构和领导机关。各人均表赞成，斟酌再三，决议更名为中国共和党。
1912年10月1日，中国共和党第一届全国代表大会召开。
大会选举出第一届中央委员会。陆少阳任中央委员会主席。中央委员会的领导机构是中央政治局、中央政治局常务委员会和中央委员会主席，均由中央委员会全体会议选举产生。下设书记处，同时设立中央纪律监察委员会。中央委员会全体会议闭会期间，中央政治局行使中央委员会的职权，政治局常委会处理日常事务。原中央党组成员陆少阳、石铮、秦长风、任安平、卫青五人组成中央政治局常委会。
与此同时，石铮也在积极筹划解放军的正规化建设。经总统府批准，中国人民解放军总司令部下设机构有：总参谋部、总后勤部和总装备部。同时设置各军种、兵种领导机关。
海军司令部：下设后勤部、装备修理部，江鹄出任海军司令。空军司令部：设后勤部、航空工程部，高唯任空军司令。炮兵的领导机关则是总参谋部炮兵部，下设司令部、后勤部。工程兵领导机关是总参谋部工程兵部。通信兵部领导机关是总参谋部通信部。
由于国家初立，各地尚处于军管时期，所以撤销各野战军司令部，设立地区军政长官建制。第三野战军司令胡铁调任华北军政长官，驻节北京；共和国第一军军长杨霆调任西北军政长官，驻节兰州；第二野战军司令王啸飞改任东北军政长官，驻节沈阳；第四野战军司令陈炯明改任华南军政长官，驻节广州；第五野战军司令蔡锷改任西南军政长官，驻节昆明。
随着正规化建设的深入，规范军衔制的问题被提上议事日程。共和革命爆发后，南京政府和各地义军为外交便利，曾临时授予过一些从事外务工作的军人将校军衔。但令出多门，名称和徽标也是五花八门，极为杂乱。
在石铮亲自领导下，总参谋部拟出了一个完备方