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东线战场上，共和军依仗长江天堑，集中了近十万精锐在江防上，并有海军舰队协防，这条防线可称得上固若金汤。
这支封锁江面的舰队原是迫于形势参加起义的，舰队司令张宝国与袁世凯的亲家孙宝琦过从甚密。袁怎肯放过这层关系，又重施故伎，暗中收买了张宝国。
原本保卫江面的八艘铁甲舰临阵倒戈，一下子变成了北洋军的护航舰队，掉转炮口向江南阵地开火。共和军猝不及防下，军心动摇，终于被段琪瑞钻了空子，强渡成功。
长江防线既失，共和军为保首都安全，把大部分兵力撤往南京方向固守。
此时正值北洋西路军新败，袁世凯为扭转颓势，严令段琪瑞迅速打开局面，并源源不断沿津浦铁路向前线增兵。陆续投入战场的总兵力已达三十多万。
北洋军渡江后，沿沪宁线一路向西挺进，猛插南京。在常州附近遭遇到共和军的拚死阻击，激战四天四夜，未能前进半步。段琪瑞久攻不克，转而分兵进攻上海。
沪军都督陈其美手上只有两三万兵力，被北洋十几万大军团团围困。力战不敌，且伤亡惨重。只得接受参谋长姜政的建议，全军向南突围，退守浙北山区。
第一战区司令黄兴急电武汉求援，石铮接到消息，立即通知了党组其他成员，在武昌城内军管会召开了紧急会议。
第二战区总兵力如今虽已达十四万之多，但其中大部分为新收编的北洋军，要将这些降军彻底改造成革命军，尚须时日。经激烈讨论，会议认为如果现在就把这些原北洋军拉出去和段琪瑞对阵，难保不出问题，重蹈海军投敌的覆辙。
慎重考虑后，拟定了一个方案。将第二战区部队重新整合，把原骑兵军团基础上补编而成的骑兵第九师，与川军步兵第八师、鄂军二十五混成旅、再加上扩编的特种兵大队，近四万人合编为一个军，作为增援部队。然后请示南京方面。
共和军尚未建立军级编制，孙中山当即复电称，即刻以海陆军大元帅的名