练家的帮助下，唤醒了另一条龙神奇宝贝在N的城堡及时阻止了N，但N幕后的傀奇士露出了他的真面目。由于主人公的活跃，逮捕了傀奇士，N乘着捷克罗姆或雷希拉姆飞走。国际刑警官员大帅在主人公的帮助，逮捕了等离子队余党，合众地方的风波被平定。2年后，等离子队分裂成两派。傀奇士带领等离子队企图用酋雷姆的力量把合众地方冰冻，后来被主人公及N阻止。傀奇士却让酋雷姆和捷克罗姆B2或雷希拉姆W2?合体。最后，酋雷姆被主人公制服，合众地方免於受到危机。
文化
在神奇宝贝世界，神奇宝贝和人类一起生存，作为训练家的人类会收服神奇宝贝，训练神奇宝贝，和神奇宝贝一起对战，培育神奇宝贝，或者把神奇宝贝作为宠物，亦或作为一门研究的学科，或利用神奇宝贝的能力完成各种工作。许多神奥传说也说人类与神奇宝贝的关系非常亲近，历史上甚至有一段不分彼此的时期。广义地说，神奇宝贝训练本身就是基于两个这样的问题：训练家和神奇宝贝应该有怎样的关系，如何才能增进这种关系。因为有着不同的观点，不同的训练家也会有不同的训练方式，专长于不同的领域。并没有任何一种方式是正确的训练方式，每一种方式都有其有利于不利的一面。然而，许多训练方式最终其实都分属两类。第一类是专注于神奇宝贝的感受和幸福，建立强大的友谊；第二类是专注于神奇宝贝的力量和能力。训练家经常会为这两种观点争执不休。在神奇宝贝系列的价值观里，则突出地强调训练家与神奇宝贝之间，友情才是最重要的，而只要有爱与关心，就能发挥出任何神奇宝贝的强大力量。神奇宝贝世界史显然与现实世界不同，并侧重于描写人类与神奇宝贝相处的部分。在世界上并没有主要的宗教，但许多信仰和神话都围绕着传说中的神奇宝贝，所以也可以说，神奇宝贝是这个世界人类的主要信仰。而且，许多人类都对神奇宝贝表现出友好和尊重，世界各地也有与神话传说相关的神殿。然而，也有许多人希望利用神奇宝贝满足自己的野心。有些