没有建成奇迹，却砸了自己的脚。
科学教第一时间涉足新大陆的业务，首先，是利用一系列经过魔法强化的航海物品来讨好远航者，奠定自己在这一领域的地位，紧接着就在这片新的土地上开设分部，甚至为了能够顺利进行移民计划，不惜再次释放瘟疫，一气灭亡了新大陆上九成的土著居民。
在这一期间，为了能够放开手脚，科学教秘密鼓动英国君主另立教宗，从而彻底斩断了来自教廷的干涉可能。此时此刻，科学教已经再也不是一个处处受到教会势力压迫的小小反抗组织，反而成了一个日渐崛起的、咄咄逼人的新生强权，受此刺激，就连教会内部都开始出现要求改革、妥协的不同声音。
此后，教会又一连几次试图对科学教的力量进行围剿，然而无论是武力攻击还是*最终却都被一一的化解，反而是自身最重要的海上力量，号称纵横七海的无敌舰队被科学教一举击破，沉入大海，从此，彻底失去了对新大陆的控制。
不过真正使得教会发生改变的开端，却来自于一位伟大的魔法师埃萨克?牛顿爵士。历史上，牛顿爵士是地球位面中第一位系统阐述波构造理论从而为科学计划奠定理论基础的伟大奇才，并且，也是枯魔期以来第一位突破生与死的界限成为科学巫妖的强大法师。然而，他最大的成就莫过于晚年义无反顾的投入教会怀抱，并且最终获得教皇的信任，为科学教彻底控制这个生死大敌打下了基础。
面对着越来越严酷的局面，教廷的有识之士们不得不做出了最坏的打算，他们利用各种各样的借口把一批信仰最坚定的教士聚集起来，连同一大批珍贵的圣物和医院骑士团、条顿骑士团、马耳他骑士团等宗教武装组织的精英一起，通过一个强大的神术转移到了月球背面，并且，在那里建立起一个复兴基地。
此后的局面完全符合了有识之士们的预期，科学教步步紧逼，教廷力量节节败退，只能依靠宣传科学和宗教并不矛盾之类的说法，苦苦坚守着最后一点信仰资源。尽管如此，科学教的最后一击，却